qKas ir LOD rādītājs? - TJG Online

Kas ir LOD rādītājs?

LOD rādītājs ir saiknes iespējamība starp divām ģenētiskām iezīmēm. Ja rezultāts ir augsts, tas nozīmē, ka pazīmes ir cieši saistītas un tāpēc parasti tiek mantotas kopā. Savukārt zemi rādītāji norāda uz zemu saistību. Šo skaitļu izpratne ģenētiķiem ir svarīga vairāku iemeslu dēļ, sākot no vēlmes izprast konkrētus ģenētiskos apstākļus līdz vēlmei noskaidrot, kur atrodas gēns, izmantojot informāciju par zināmiem gēniem.

Lai saprastu LOD rādītāja nozīmi, ir noderīgi zināt, ka jo tuvāk divi gēnu loki atrodas viens otram, jo ​​lielāka iespēja, ka tie tiks mantoti kopā. Ja, piemēram, gēni atrodas dažādās hromosomās, tie parasti tiek mantoti atsevišķi, jo mejozes laikā var notikt liela krustošanās. Gēni, kas atrodas vienā hromosomā, bet tālu viens no otra, parasti tiek mantoti neatkarīgi. Tomēr, ja loki atrodas tiešā tuvumā vienā hromosomā, tie mēdz būt mantoti kopā. Šī informācija ir vērtēšanas sistēmas pamatā.

LOD apzīmē “izredzes logaritms”, kas atspoguļo faktu, ka skaitlis ir izteikts logaritmiski. Parasti, ja rezultāts ir 3 vai lielāks, tas nozīmē, ka pastāv liela ģenētiskās saiknes iespējamība. Mazāki skaitļi norāda uz mazāku ģenētiskās saiknes iespējamību, lai gan tie joprojām var būt noderīgi eliminācijas procesā.

Lai noteiktu LOD punktu, ir nepieciešams datu paraugs, un šāda veida statistiskajā analīzē, jo lielāka izlase, jo labāk. Pētnieki, kas strādā ar tādiem organismiem kā augļu mušiņas, var aktīvi vairot populāciju, lai izceltu vai nomāktu vēlamās iezīmes, lai pētītu saikni starp specifiskām iezīmēm, savukārt ar tādām populācijām kā cilvēki, pētniekiem ir jāaprobežojas ar datiem, kas savākti novērošanas ceļā. Lieli paraugi parasti sniedz statistiski nozīmīgāku informāciju, jo tie samazina izplūdumu un klasteru risku, kas izkropļo datus.

Izmantojot datus no interesējošās populācijas, pētnieki aplūko, cik bieži noteiktas pazīmes parādās kopā un cik bieži tās parādās atsevišķi. Šī informācija tiek izmantota, lai sasniegtu rekombinācijas biežumu, aplūkojot, cik bieži ģenētiskās iezīmes rekombinējas. Lai atrastos vienā hromosomā, rekombinācijas biežumam ir jābūt mazākam par 50%, un tai jāsamazinās vēl vairāk, lai norādītu, ka loki atrodas tuvu viens otram. Pētnieki analizē šo informāciju, lai noteiktu, cik iespējams, ka pastāv ģenētiska saikne. LOD punktu nosaka, dalot saiknes iespējamību ar saiknes neesamības iespējamību. Parasti punktu skaitu aprēķina vairākiem lokusiem.