Molekulārais marķieris, saukts arī par ģenētisko marķieri, ir noteikta dezoksiribonukleīnskābes vai DNS secība, kas ir identificējama visa genoma kontekstā. Pētnieki izmanto molekulāros marķierus, lai izsekotu noteiktu gēnu vai citu ievērojamu DNS sekvenču atrašanās vietām lielākā DNS virknē. Dažus molekulāros marķierus var identificēt, tikai pārbaudot ģenētiskās informācijas secību, bet citus var identificēt, vizuāli pārbaudot organismu. Šie marķieri kalpo daudziem mērķiem bioloģiskajā pētniecībā, tostarp akadēmiska rakstura un terapeitiskākiem. Akadēmiskie pielietojumi var ietvert gēnu kataloģizēšanu, kas ietekmē noteiktas pazīmes, savukārt terapeitiskie lietojumi ietver marķieru izpēti, lai palīdzētu identificēt ģenētiskās variācijas cerībā ārstēt slimības.
Ir daudz dažādu dažāda garuma un konfigurācijas molekulāro marķieru veidu, ko var izmantot dažādiem mērķiem. Daži no tiem rodas dabiski, savukārt citi ir īpaši izstrādāti pētniekiem, lai atzīmētu noteiktu DNS sekvenču pozīcijas. Var izmantot dažādus laboratorijas procesus, lai pievienotu molekulāros marķierus noteiktām DNS sekvencēm vai savienotu DNS virknes punktos, uz kuriem norāda molekulāro marķieru klātbūtne. Dažu metožu izmantošana, kuru pamatā ir šādi marķieri, ļauj pētniekiem izveidot “ģenētiskās kartes”, kas satur konkrētā organisma kodēto ģenētisko informāciju.
Molekulārajiem marķieriem ir jāpiemīt dažām atšķirīgām iezīmēm, lai tie būtu noderīgi pētniekiem. Piemēram, tiem jābūt viegli atrodamiem un droši identificējamiem, jo jebkuras šaubas var apšaubīt uz marķieriem balstītu eksperimentu galīgos rezultātus. Tiem jābūt arī polimorfiem, kas nozīmē, ka marķiera kodētā gēna dažādas formas pastāv dažādos vienas sugas organismos un izraisa zināmas izmaiņas organismos. Kopumā ir maz informācijas, ko var iegūt no nepolimorfām vietām. Arī polimorfismi izraisa redzamas izmaiņas, piemēram, acu krāsu vai spārnu struktūru, ko var izmantot, lai noteiktu, kuriem organismiem ir kāds konkrēts ģenētiskais sastāvs.
Dažādos bioloģiskajos pētījumos molekulāros marķierus izmanto visdažādākajiem mērķiem. Tos parasti izmanto, lai mēģinātu noteikt, kā konkrētas fiziskās īpašības vai apstākļi ir saistīti ar ģenētiskajiem mainīgajiem. Dažreiz tas tiek darīts tikai akadēmiskos nolūkos, jo pētnieki bieži ir ieinteresēti noteikt, kuri gēni ietekmē kādas fiziskās īpašības. Tomēr to var izmantot arī terapeitiskiem nolūkiem. Piemēram, dažas ģenētiskas variācijas var izraisīt slimības, tāpēc polimorfo molekulāro marķieru variāciju izpēte var radīt pētniekus zināmu ieskatu par ģenētisko slimību būtību.