Ģenētikas jomā populācijas ģenētika pēta, cik bieži parādās specifiskas gēnu kopijas vai alēles un kā tās mijiedarbojas ar citām alēlēm no citiem gēniem. Tas arī aplūko, kā evolūcijas procesi, piemēram, dabiskā atlase un mutācijas, ietekmē alēles. Alēļu sadalījums var būt vai nu neatkarīgs no citām alēlēm citā vietā, vai arī to var ietekmēt citas alēles. Ja alēles vai alēļu sadalījums nav neatkarīgs no citām alēlēm, to sauc par saiknes nelīdzsvarotību.
Organisma evolūcija notiek ģenētiskās variācijas rezultātā. Dažādas gēnu kombinācijas un dažādas dažādu gēnu alēļu kombinācijas rada dažādus organismu fenotipus. Tas nozīmē, ka ģenētiskā variācija rada sugas organismus, kas ir līdzīgi, bet var izskatīties atšķirīgi un funkcionēt atšķirīgi. Ģenētiskā variācija var padarīt organismu vairāk vai mazāk veiksmīgu izdzīvošanas un vairošanās ziņā. Dabiskās atlases teorija apgalvo, ka evolūcija notiek, izdzīvojot spēcīgākajiem vai izdzīvojot tiem, kuri ir veiksmīgāki nododot savus gēnus.
Gēni nav neatkarīgas vienības, kuras pašas nodod pēcnācējiem. Tā vietā gēnus ietekmē vide, kā arī citi gēni. Ģenētiskā koadapcija ir termins, ko lieto, lai apzīmētu to, cik labi gēni mijiedarbojas ar citiem gēniem. Dabiskā atlase dod priekšroku tām alēlēm, kas labi mijiedarbojas ar citu gēnu alēlēm dažādās DNS vietās. Ģenētiskā koadapcija var pastāvēt starp dažu gēnu alēlēm, bet ne citiem.
Piemēram, gēnam A un gēnam B ir divas alēles, kas ir attiecīgi A1 un A2 un B1 un B2. Ja organisms manto A1 un B1 vai A2 un B2, šajā piemērā var pieņemt, ka tas ir labāk pielāgots izdzīvošanai nekā tad, ja tas manto A1 un B2 vai A2 un B1. Tas nozīmē, ka, izmantojot dabisko atlasi, priekšroka tiktu dota A1B1 un A2B2 ģenētiskajām kombinācijām, jo organismam ar šīm alēlēm ir lielāka iespēja izdzīvot un vairoties. Kā tādas tiek uzskatīts, ka šīs alēles ir saiknes nelīdzsvarotībā, jo tās netiktu nejauši nodotas pēcnācējiem, bet tā vietā tiek doti priekšroka noteiktiem pāriem.
Saiknes nelīdzsvarotību mēra, salīdzinot alēļu biežumu populācijā, bet tas nav pastāvīgs. Organismu nejauša pārošanās var izraisīt saistīto alēļu sastopamības samazināšanos. Pastāvīga saiknes nelīdzsvarotība var rasties, ja vienas kombinācijas rezultāts ir augstāks organisma piemērotības līmenis, piemēram, ja otra kombinācija izraisa letālu mutāciju zigotā. Jo tālāk viena no otras atrodas alēļu atrašanās vietas, jo grūtāk ir uzturēt saiknes nelīdzsvarotību.