Sāpes sēžot var izraisīt daudzi apstākļi, tostarp išiass, artrīts, diska trūce, slikta stāja, miofasciāls sāpju sindroms, traumas un pat vienkārši noguruši muskuļi. Cilvēki, kuri sēž ilgu laiku, ir īpaši jutīgi pret sāpēm sēžot; cilvēki, kas visu dienu strādā pie rakstāmgalda, vai cilvēki, kuri atrodas ratiņkrēslos, var izjust sāpes, kad sēdēs. Sāpju smagums var būt iemesls ārsta apmeklējumam, lai gan vairumā gadījumu, lai problēmu atrisinātu, pietiek ar ikdienas rutīnas un sēdēšanas paradumu izmaiņām.
Miofasciālo sāpju sindroms ir stāvoklis, kad noteiktās ķermeņa daļās rodas sāpes. Sāpes var būt smagas, un tās parasti tiek izsekotas līdz sprūda punktam vai ķermeņa daļai, kas izraisa sāpes. Šajā gadījumā sēžot parasti ir sāpju cēlonis mezgloti muskuļi, un ārsta apmeklējums var palīdzēt slimniekam izstrādāt plānu, kā cīnīties ar šo stāvokli. Pat profesionāļi joprojām nav labi izprotuši šo stāvokli, tāpēc ārstēšanas iespējas būs atšķirīgas un tām būs dažādi rezultāti atkarībā no pacienta reakcijas uz ārstēšanu.
Išiass rodas, ja sēžas nervs, kas iet no muguras lejasdaļas un katras kājas aizmuguri, jebkāda iemesla dēļ tiek saspiests, bieži izraisot sāpes, asas sāpes, nejutīgumu vai tirpšanu jebkurā vietā visā kāju garumā, sēžamvietā, gurnos un muguras lejasdaļa. Tas ir bieži sastopams sāpju cēlonis sēžot, un to var izraisīt saspringti vai iekaisuši muskuļi un cīpslas, vai mugurkaula diska trūce. Diska trūce rodas, kad mugurkaula disks, kas atrodas starp diviem skriemeļiem, izliekas, tādējādi nospiežot nervus, kas atrodas mugurkaula tuvumā. Mugurkaula disks var saspiest sēžas nervu, izraisot sāpes sēžot.
Slikta stāja ir ļoti izplatīts sāpju cēlonis sēžot, īpaši biroja darbinieku vidū. Ja muguras lejasdaļa netiek pietiekami atbalstīta ar krēslu, muskuļi, kas atbalsta muguru, var nogurt, kas novedīs pie spriedzes šajos muskuļos. Jo stingrāki ir muskuļi, jo lielāka diskomforta sajūta; šie saspringtie muskuļi var sākt vilkt mugurkaulu, gurnus un citus kaulus un locītavas, tādējādi izraisot nedabiskas ķermeņa kustības. Periodiska piecelšanās no krēsla un stiepšanās var palīdzēt novērst sāpes un palielināt asins plūsmu, savukārt ergonomiskā krēsla izmantošana var palielināt muguras lejasdaļas, kakla un plecu atbalstu.