Protrombīna gēna mutācijas, kas pazīstamas kā II faktora mutācijas, ir ģenētiski saistītas, tāpēc tās tiek iegūtas mantojuma ceļā. Šis gēns ir atbildīgs par protrombīna ražošanu, kas in vivo tiek pārveidots par trombīnu, tāpēc šo defektu dažreiz sauc par trombīna gēna mutāciju. Savukārt trombīns pārvērš ūdenī šķīstošo fibrinogēnu par nešķīstošu molekulu fibrīnu, kas ir būtiska asins recēšanas mehānisma sastāvdaļa. Trombīna gēnu mutācijas ir otrs lielākais riska faktors trombozes vai dziļu asins recekļu attīstībai asinsvados blakus V faktora mutācijai.
Trombīna gēna mutācija ir iedzimta, tāpēc cilvēkam var būt viena vai divas mutētā gēna kopijas, un divas kopijas pakļauj indivīdam daudz lielāku trombozes risku. Trombīna gēna mutācija ir autosomāli dominējoša mutācija, kas nozīmē, ka cilvēkam ar vienu mutācijas eksemplāru ir 50 procentu iespēja to nodot saviem bērniem. Gan vīriešiem, gan sievietēm, kā arī jebkuras asinsgrupas personām ir vienāds risks pārmantot šo gēnu un ar to saistīto trombozes risku, ja tas notiek.
Šī mutācija parasti netiek mantota ar citām mutācijām, un tā ietver punktveida mutāciju protrombīna gēna 20210. pozīcijā, kas atrodas 11. hromosomā. Apmēram 1-2 procenti baltās rases iedzīvotāju ir heterozigoti attiecībā uz II faktora mutāciju, kas nozīmē, ka šiem cilvēkiem ir viena bojātā gēna kopija. Izplatības līmenis ir daudz zemāks cilvēkiem ar citu rasi.
Ja šī mutācija ir iedzimta, tā palēnina protrombīna ziņojuma RNS noārdīšanos, tādējādi palielinot protrombīna veidošanos, kas izraisa lielāku trombīna daudzumu asinīs. Savukārt asinsreces process var notikt daudz vieglāk, jo pārmērīgais trombīns iesaistās fibrīna veidošanās kaskādē, kas var beigties ar trombozi. Trombīna gēna mutācija palielina dziļo vēnu trombozes risku apmēram divas līdz trīs reizes. Ir arī citi veselības apdraudējumi, ko izraisa paaugstināts trombīna līmenis, īpaši atkārtots spontāns aborts.
Trombīna gēna mutācija palielina trombozes risku, taču tas nebūt nenozīmē, ka cilvēkam attīstīsies šis traucējums. Ir arī citi riska faktori, kas var palielināt trombozes iespējamību, īpaši ar mutācijas gēna kopiju. Šie riska faktori ir perorālo kontracepcijas līdzekļu lietošana, citas ģenētiskas mutācijas, kas pazīstama kā V faktora mutācija, pārmantošana, grūtniecības iestāšanās, cigarešu smēķēšana, aptaukošanās vai ilgstoša nekustīgums.