Aptiekas grāmatvedis ir atbildīgs par šī konkrētā uzņēmējdarbības veida finanšu saistību uzskaiti, uzturēšanu un saskaņošanu. Vidējie aptiekas grāmatveža pienākumi ir saistīti ar summu izsekošanu, ko aptieku īpašnieki ir parādā citiem pārdevējiem. Šim darbam arī grāmatvežiem ir jāreģistrē visi nenomaksātie atlikumi katra klienta kontā. Šie grāmatveži arī informē savus klientus par visām esošajām uzņēmējdarbības nodokļa saistībām, kas jāmaksā katru gadu. Citas grāmatveža prasības var ietvert inventāra uzskaiti un uzņēmuma tehniķu un farmaceitu algu čeku sagatavošanu.
Tipiskam aptiekas grāmatvedim ir labas zināšanas par vietējiem un valsts nodokļu noteikumiem, kas attiecas uz šo konkrēto nozari. Aptiekām dažkārt ir jāmaksā lielākas nodokļu saistības nekā cita veida uzņēmumiem, un pieredzējis grāmatvedis parasti var palīdzēt īpašniekiem veikt savlaicīgus maksājumus, vienlaikus izvairoties no soda sankcijām. Daži pienākumi ietver arī aptiekas īpašnieka plāna formulēšanu, lai palielinātu gada peļņu un samazinātu nevajadzīgās darbības izmaksas.
Papildus nodokļu iesniegšanas procedūrām darba aprakstā ir iekļauti ikdienas grāmatvedības pienākumi, lai sekotu līdzi uzņēmuma ienākumiem un izdevumiem. Šie grāmatveži parasti glabā ikmēneša debetu un kredītu virsgrāmatas, kā arī gaidāmo maksājumu datumus. Tā kā aptiekas bieži izsniedz medikamentus, uz kuriem attiecas veselības apdrošināšanas polises, arī aptiekas grāmatvedim vairumā gadījumu šāda informācija ir jāreģistrē. Šajos finanšu pārskatos parasti ir norādītas summas, ko klientu apdrošināšanas plāni maksās, salīdzinot ar atlikušajām summām, kas jāmaksā aptiekai no kabatas.
Aptieku grāmatvežiem var būt citi darba pienākumi, kas liek viņiem saskaņot esošos medikamentu krājumus ar piegādātājiem samaksāto summu ierakstiem. Lielākas aptiekas var algot atsevišķu inventarizācijas speciālistu, lai veiktu fizisko inventarizāciju un iesniegtu šo informāciju grāmatvedim. Grāmatvedis parasti reģistrē katras aptiekas preces numurus un pārliecinās, ka katras preces cenas saskaita pareizi. Grāmatvežiem arī jāzina, kur atrast izplatītākās uzskaites kļūdas un kā tās labot. Aptiekas ar mazākiem krājumiem gan fizisko krājumu, gan finanšu saskaņošanu var atstāt grāmatveža ziņā.
Algu uzskaite ir vēl viens izplatīts aptiekas grāmatveža pienākums. Daudzas aptiekas pieprasa, lai grāmatvedis sekotu līdzi darbinieku stundām, individuālajām atalgojuma likmēm un parasti ieturētajiem algas nodokļiem. Šāda veida darba pienākumi bieži ietver algas čeku sagatavošanu, izsniegšanu un reģistrēšanu aptiekas noteiktajās algas dienās. Grāmatvedis var organizēt arī elektroniskus tiešos iemaksas aptiekas darbinieku bankas kontos.