Tāpat kā daudzām citām zālēm, arī antibiotikām ir bijusi pierādīta labvēlīga ietekme, palīdzot novērst bakteriālas infekcijas, kuras kādreiz bija grūti ārstēt. Tomēr pieaug bažas par to, ka pārmērīga antibiotiku terapija ir radījusi bīstamus pret antibiotikām rezistentus baktēriju celmus. Vēl viens nozīmīgs strīdu avots ir antibiotiku zāļu lietošana pārtikas rūpniecībā, lai audzētu liellopus un palielinātu ražošanu, kas ir radījis bažas par nelabvēlīgu ietekmi uz dzīvnieku un cilvēku veselību. Tāpat kā visas ārstnieciskās ārstēšanas metodes, arī antibiotikām var būt negatīvas blakusparādības, kas var rasties alerģiskas reakcijas, nepareizas lietošanas vai nejaušas labo baktēriju iznīcināšanas rezultātā. Tā kā cilvēce uzzina vairāk par to priekšrocībām un trūkumiem, sabiedrība un medicīnas aprindas mācās pielāgot antibiotiku ārstēšanu, lai nodrošinātu, ka tām ir visveselīgākā ietekme.
Antibiotiku zāļu atklāšana 20. gadsimtā bija pavērsiena brīdis sabiedrībai un medicīnas aprindām, kas līdzvērtīgi vakcinācijas atklāšanai. Kamēr vakcinācijas uzvarēja nāvējošas vīrusu slimības, kurām cilvēki bija diezgan bezspēcīgi pretoties, piemēram, poliomielītu, gripu un tendinītu, antibiotikas nodrošināja veidu, kā iznīcināt sliktās baktērijas, kas izraisīja agrāk novājinošas un potenciālas nāvējošas infekcijas, piemēram, tuberkulozi, meningītu un pneimoniju. Mirstības rādītāji bakteriālās infekcijas dēļ ievērojami samazinājās, un iedzīvotāji kļuva veselīgāki. Tomēr, kad ārsti sāka izrakstīt rekordlielu daudzumu antibiotiku slimību ārstēšanai, kļuva skaidrs, ka to pārmērīgai lietošanai var būt trūkumi.
Tā kā antibiotikas kļuva populārākas, pacienti tās uztvēra kā regulāru dzīves sastāvdaļu, un ārsti tās izrakstīja rekordlielos daudzumos. Tas noveda pie neparedzētas problēmas: dažas baktērijas sāka attīstīties un veidoja imunitāti pret ārstēšanu ar antibiotikām. Baktēriju spēju mutēt, reaģējot uz ārstēšanu, sauc par rezistenci pret antibiotikām. Slimības, kuras kādreiz šķita, ka antibiotikas izsita uz visiem laikiem, atdzima. Nebija tā, ka antibiotikas pēkšņi bija neefektīvas, bet daļa no to iedarbības bija zudusi. Tas bija ne tikai pārmērīgas lietošanas un pārmērīgas zāļu izrakstīšanas, bet arī nepareizas lietošanas rezultāts. Sabiedrība zināmā mērā uzskatīja, ka antibiotikas ir pārsējs visam, pat vīrusu slimībām, kuras viņi nevarēja ārstēt. Rezultātā mūsdienu medicīnas sabiedrība mudina lietot antibiotikas tikai tad, ja tas ir absolūti nepieciešams, cerot, ka ārstēšana saglabāsies efektīva.
Bažas radījusi arī antibiotiku lietošana pārtikas rūpniecībā. Agrārā sabiedrība sāka lietot antibiotikas dzīvniekiem tā paša iemesla dēļ, ko cilvēki tās lieto: lai ārstētu bakteriālas slimības. Tomēr laika gaitā kļuva skaidrs, ka antibiotikas var izraisīt svara pieaugumu dzīvniekiem. Piemēram, ar govīm papildu svars dažiem lopkopjiem un lauksaimniekiem radīja ievērojamu peļņu. Pētījumi liecina, ka pārmērīga antibiotiku lietošana dzīvniekiem ir izraisījusi superbugs jeb pret antibiotikām rezistentas baktērijas, kuras cilvēki var uzņemt, ēdot gaļu. Šādā gadījumā ar pārtiku saistīta slimība cilvēkam var nebūt ārstējama ar antibiotikām. Pastāv arī bažas par negatīvo ietekmi uz dzīvnieku veselību. Cienījamie medicīnas pārstāvji, piemēram, Pasaules Veselības organizācija (PVO), ir mudinājuši sabiedrību apsvērt antibiotiku risku dzīvniekiem un ierobežot to lietošanu.