Regulatīvās aģentūras, piemēram, Pārtikas un zāļu pārvalde (FDA), parasti atzīst amoksicilīnu par drošu lietošanai grūtniecības laikā. Katra grūtniecība ir atšķirīga, un pirms ārstēšanas kursa uzsākšanas ir svarīgi apspriest iespējas ar akušieri. Grūtniecēm arī jāizvērtē veselības stāvokļa neārstēšanas riski un ārstēšanas riski, jo var būt bīstamāk nerīkoties, nekā būtu lietot zāles, par kurām zināms, ka tās parasti ir drošas lietošanai grūtniecības laikā.
Pārtikas un zāļu pārvalde klasificē amoksicilīnu grūtniecības laikā B kategorijā, kas nozīmē, ka neviens tests nav pierādījis, ka zāles ir kaitīgas augļa attīstībai, lai gan testēšana nav bijusi plaša, lai kategoriski apgalvotu, ka zāles ir pilnīgi drošas. Daudzas citas antibiotikas noteikti ir bīstamas grūtniecības laikā, izraisot tādas problēmas kā zobu krāsas maiņa un dzirdes zudums, un amoksicilīns ir viena no labākajām antibiotiku izvēlēm, ko lietot infekcijām grūtniecības laikā.
Amoksicilīna lietošana grūtniecības laikā ne vienmēr var būt pilnīgi droša. Sievietei, kurai anamnēzē ir bijušas alerģiskas reakcijas pret amoksicilīnu vai penicilīna antibiotikām, šīs zāles nevajadzētu lietot grūtniecības laikā, jo alerģiska reakcija var apdraudēt bērnu. Šī antibiotika var arī slikti mijiedarboties ar dažām zālēm, apdraudot mātes vai augļa dzīvību. Cilvēkiem, kuriem nav zināma alerģiju pret amoksicilīnu anamnēze un kuriem ir alerģiju ģimenes anamnēze, pirms lēmuma pieņemšanas par amoksicilīna lietošanu grūtniecības laikā var vēlēties apspriest to ar ārstu, jo iespējams, ka viņiem var būt paaugstināts alerģiju risks.
Dati par amoksicilīna lietošanu grūtniecības laikā neliecina par acīmredzamu saistību starp šo antibiotiku un draudiem mātes vai augļa veselībai. No otras puses, infekcijas neārstēšana var radīt ievērojamus riskus grūtniecībai. Smagas infekcijas var izraisīt tādas problēmas kā sistēmisks šoks un var izraisīt grūtniecības pārtraukšanu vai iedzimtus defektus. Kad ārsts konstatē infekciju un izraksta amoksicilīnu, tas tiek darīts ar mērķi novērst smagas komplikācijas. Pacientam jālieto pilns antibiotiku kurss un nekavējoties jāziņo par blakusparādībām, ja tās liecina par alerģiju pret amoksicilīnu.
Pacienti, kuri uztraucas par amoksicilīna lietošanu grūtniecības laikā, var apspriest situāciju ar akušieri. Ārsts var ieteikt alternatīvas antibiotikas. Tomēr parasti akušieris piekrīt ārstam, kurš sākotnēji izrakstījis zāles, iesakot lietot antibiotikas, lai iznīcinātu infekciju un novērstu turpmākās komplikācijas.