Nav pārliecinošu pierādījumu tam, ka ciprofloksacīna lietošana grūtniecības laikā ir nedroša, taču saskaņā ar dažiem pētījumiem ar dzīvniekiem zāles var negatīvi ietekmēt augli. Turklāt, lai gan nav veikti īpaši pētījumi par ciprofloksacīnu un tā ietekmi uz cilvēka grūtniecību, ir zināms, ka zāles nonāk amnija šķidrumā, šķidrumā, kas ieskauj augli dzemdē. Tā kā šajā grūtniecības brīdī zāļu iedarbība lielā mērā nav zināma, sievietēm grūtniecības laikā ieteicams izvairīties no ciprofloksacīna lietošanas, ja vien ārsts neuzskata, ka zāļu ieguvumi ir lielāki par risku.
Tā kā ciprofloksacīna lietošanas drošums grūtniecības laikā vēl nav zināms, tiek saprasts, ka sievietes, kas baro bērnu ar krūti vai plāno barot bērnu ar krūti, arī nedrīkst lietot šīs zāles. Faktiski ir vairāk pierādījumu pret ciprofloksacīna lietošanu zīdīšanas laikā, nekā lietojot ciprofloksacīnu grūtniecības laikā. Pierādījumi liecina, ka barošana ar krūti ciprofloksacīna lietošanas laikā var izraisīt nopietnus medicīniskus traucējumus zīdainim, kas baro bērnu ar krūti. Ciprofloksacīns ir atrodams mātes pienā, un atkarībā no tā, cik ilgi māte lietoja zāles, mazulis var uzņemt zāles zīdīšanas laikā. Lietojot ciprofloksacīnu, mātei jāņem vērā iespēja, ka bērnam var rasties veselības traucējumi; atkarībā no mātes vispārējās veselības ārsts var ieteikt divas izvēles, proti, pārtraukt barošanu ar krūti vai pārtraukt lietot ciprofloksacīnu.
Ciprofloksacīns pati par sevi ir antibiotika, kas nozīmē, ka tas ir zāles, ko lieto bakteriālu infekciju apkarošanai. Šī antibiotika darbojas arī, lai novērstu vai ārstētu Sibīrijas mēri, nopietnu infekcijas slimību, kas var izplatīties uz cilvēkiem, saskaroties ar inficētiem dzīvniekiem vai cilvēkiem, kuri izmanto šo slimību kā bioloģisku ieroci. Ciprofloksacīns ir tablešu un ilgstošās darbības tablešu veidā, kā arī šķidrā veidā. Ir svarīgi ievērot ārsta noteikto devu un neaizstāt vienu ciprofloksacīna veidu ar citu. Piemēram, persona, kas lieto ciprofloksacīna tablešu formu, nedrīkst aizstāt savu recepti ar ilgstošās darbības tablešu formu.
Tāpat kā citas zāles, ciprofloksacīns var izraisīt blakusparādības. Biežas blakusparādības ir sāpes vēderā, caureja un galvassāpes, kā arī slikta dūša un vemšana. Parasti šīs bieži sastopamās blakusparādības ir vieglas, taču tās var kļūt nopietnas, un, ja tā notiek, skartajai personai jāsazinās ar savu ārstu. Nopietnākas blakusparādības, kurām nepieciešama tūlītēja medicīniska palīdzība, ir patoloģiska urinēšana, asiņaina vai ūdeņaina caureja un sāpes, pietūkums vai jutīgums locītavās. Citas nopietnas blakusparādības ir krampji, smaga ādas reakcija un neparasta uzvedība vai domas.