Klonidīns tiek regulāri parakstīts bērniem tādu slimību gadījumos kā tiki, uzmanības deficīts un hiperaktivitātes traucējumi (ADHD), kā arī dažreiz augsta asinsspiediena gadījumā. Tādās valstīs kā ASV Pārtikas un zāļu pārvalde apstiprina zāles bērniem tikai to lietošanai ADHD ārstēšanā, un tās vēl nav novērtējušas to drošību un efektivitāti citiem apstākļiem. Tas nenozīmē, ka klonidīns bērniem netiek lietots citiem stāvokļiem, un receptes ārpus marķējuma ir izplatītas, un daudzi ārsti to uzskata par piemērotām. Tam var būt spēcīgas blakusparādības, un, ja bērniem tiek izrakstītas zāles, ir nepieciešama vecāku modrība, un tāpēc drošība tiek apsvērta, nosverot riskus un ieguvumus.
Atšķirībā no daudzām citām zālēm, ko lieto ADHD, šīs zāles nav stimulants. Tas padara klonidīnu bērniem vēl noderīgāku tiem 10% vai vairāk bērnu, kuri var slikti reaģēt uz standarta traucējumu ārstēšanu ar stimulējošiem medikamentiem, piemēram, metilfenidātu (Ritalin®) vai citām zālēm. Tas šķiet efektīvs bērniem un var mazināt dažus sarežģītus ADHD simptomus, piemēram, impulsivitāti, nemieru un vāju fokusu.
Ņemot vērā FDA apstiprinājumu klonidīna drošībai bērniem ADHD gadījumā, ir arī lietderīgi to uzskatīt par iespējamu citu bērnu slimību ārstēšanas līdzekli. Ir pierādīts, ka tas ir efektīvs Tureta sindroma un augsta asinsspiediena ārstēšanā. Šo slimību ārstēšanai ir pieejamas arī citas zāles.
Apgalvot absolūtu klonidīna drošību bērniem nav iespējams. Tāpat kā jebkurai narkotikai, var būt spēcīgas blakusparādības, un zāles nav piemērotas visiem. Galvenās blakusparādības, kas ir salīdzinoši labdabīgas, ir miegainība, reibonis, sausas acis, mute un deguns, kā arī galvassāpes.
Var rasties smagākas blakusparādības un nepieciešama neatliekamā medicīniskā palīdzība. Tās ir sāpes krūtīs, ļoti spēcīga miegainība vai nogurums, trīce vai trīce jebkurā ķermeņa vietā un ātra sirdsdarbība. Var rasties arī anafilaktiska alerģiska reakcija pret zālēm, un tai ir tādi simptomi kā nātrene, sejas, lūpu un mēles pietūkums, slikta dūša, apgrūtināta elpošana un astma. Šiem simptomiem nepieciešama tūlītēja medicīniska palīdzība.
Lai klonidīns bērniem būtu drošāks, tas ir jāievada atbilstoši. Precīza deva ir atkarīga no bērna svara, un tā var būt tablešu vai plāksteru veidā. Arī zāļu lietošanas pārtraukšana prasa piesardzību. Zāles nedrīkst pēkšņi pārtraukt, ja vien nav alerģijas, jo tās var izraisīt spēcīgus abstinences simptomus. Tā vietā tas ir jāsamazina, tāpēc nepatīkamas sekas ir minimālas vai nav.
Turklāt pirms šo zāļu saņemšanas bērniem ir jāveic pilns eksāmens. Klonidīns var ietekmēt sirdi, aknas vai nieres, un, ja bērniem ir kāda slimība, kas ietekmē šos orgānus, ir jāizmēģina citas zāles. Vecāki ir arī nobažījušies par to, vai klonidīns bērniem radīs ilgtermiņa sekas, piemēram, aizkavētu augšanu. Par to nav vienprātības, taču daudzi pētnieki apgalvo, ka augšana faktiski var nedaudz palielināties, jo daļa no zāļu iedarbības ir nedaudz stimulēt augšanas hormona ražošanu.