Bakteriālās vaginozes zāles parasti ir antibiotiku veidā. Dažreiz bakteriālā vaginoze izzūd pati bez medicīniskas palīdzības. Cilvēkiem, kuriem nepieciešama bakteriālas vaginozes ārstēšana, parasti tiek nozīmēts metronidazols vai klindamicīns, kas ir divu veidu antibiotikas. Abas šīs antibiotikas ir tablešu veidā vai krēmu veidā, ko ievieto maksts iekšpusē. Lielākā daļa bakteriālās vaginozes infekciju parasti izzūd divu vai trīs dienu laikā pēc antibiotiku terapijas sākšanas, taču ārsti parasti iesaka sievietēm lietot antibiotikas vismaz vienu nedēļu, pat ja simptomi izzūd.
Daudzām sievietēm, kurām ir bakteriāla vaginoze, nav simptomu, un šī iemesla dēļ viņas var neapzināties, ka viņiem ir infekcija. Fakts, ka bakteriālā vaginoze dažkārt izzūd pati no sevis, nozīmē, ka dažas sievietes, iespējams, nezina, ka viņām kādreiz tā ir bijusi, īpaši, ja simptomu nav. Sievietei nevajadzētu atlikt bakteriālās vaginozes ārstēšanu, jo viņa uzskata, ka viņas infekcija izzudīs bez ārstēšanas. Lai gan bakteriālā vaginoze dažkārt izzūd bez ārstēšanas, tā var kļūt daudz sliktāka, pirms tā kļūst labāka. Parasti tiek uzskatīts, ka vislabāk ir apmeklēt ārstu vai ginekologu, tiklīdz parādās bakteriālās vaginozes simptomi, lai problēma nepasliktinātu.
Ārsts parasti novērtē sievietes simptomus papildus iegurņa izmeklēšanai, pirms izraksta zāles pret bakteriālo vaginozi. Bakteriālās vaginozes simptomi bieži ir līdzīgi rauga infekcijas simptomiem, un šī iemesla dēļ daudzas sievietes var uzskatīt, ka viņām ir rauga infekcija. Bieži vien tikai tad, kad sieviete mēģina ārstēt savu bakteriālo vaginozi ar bezrecepšu rauga infekcijas krēmu, viņa saprot, ka viņai ir cita problēma, jo zāles pret rauga infekciju ir neefektīvas pret bakteriālo vaginozi. Ārsti parasti var veikt iegurņa pārbaudi un paņemt maksts izdalījumu paraugu, lai pārbaudītu bakteriālās vaginozes pazīmes. Ja sievietei ir bakteriāla vaginoze, nevis rauga infekcija, ārsta iegūtais paraugs parādīs izdalījumos esošās baktērijas.
Antibiotikas pret bakteriālo vaginozi bieži vien ir efektīvas nekavējoties. Simptomi parasti sāk izzust pēc pirmās vai divas dienas pēc antibiotiku lietošanas. Antibiotikas parasti ievada krēmu vai želeju veidā, ko ievieto maksts iekšpusē. Grūtniecēm ar bakteriālu vaginozi parasti tiek izrakstītas antibiotikas tablešu veidā, jo zāļu ievietošana maksts grūtniecības laikā var nebūt droša auglim. Ja antibiotikas netiek lietotas visu laiku, kamēr tās tika izrakstītas, pastāv iespēja, ka infekcija atgriezīsies.