Zolpidēma lietošana grūtniecības laikā parasti tiek uzskatīta par drošu, ja tas ir nepieciešams bezmiega ārstēšanai, taču grūtnieces bieži tiek mudinātas vispirms izmēģināt citas iespējas. Tas ir tāpēc, ka ASV Pārtikas un zāļu pārvalde (FDA) šīs zāles ir iekļāvusi grūtniecības C kategorijā. Tas ir iespējams, jo pētījumi ar dzīvniekiem, kas veikti ar zolpidēmu grūtniecības laikā, ir parādījuši dažas nelabvēlīgas blakusparādības, lai gan nav pienācīgi kontrolētu pētījumu ar cilvēkiem, kas varētu droši pateikt, vai tas ir drošs. Parasti ārsti mēdz izrakstīt šīs zāles grūtniecēm tikai tad, ja bezmiegs ir pietiekami smags, lai tam būtu negatīva ietekme, un šajā brīdī ieguvumi var atsvērt risku.
Pētījumi ar dzīvniekiem, kas veikti ar šīm zālēm, ir parādījuši dažas nelabvēlīgas ietekmes uz augli, lai gan dzīvniekiem bieži tika dotas daudz lielākas devas, nekā parasti saņemtu grūtniecēm. Piemēram, dažiem testa subjektiem, kuriem grūtniecības laikā tika ievadītas lielas zolpidēma devas, bija augļi, kuriem bija nepilnīga galvaskausa pārkaulošanās. Turklāt, palielinoties zolpidēma devai, pieauga spontāno abortu un augļa augšanas kavēšanās biežums. Tomēr daudzos gadījumos nav pierādīts, ka parastās zolpidēma devas grūtniecības laikā negatīvi ietekmētu augli vai māti.
Ir veikti daži nelieli pētījumi ar sievietēm, kuras grūtniecības laikā lietoja zolpidēmu, un, lai gan tās ne vienmēr tika pareizi kontrolētas, to rezultāti liecina, ka šo zāļu lietošana rada zināmu risku. Piemēram, dažas sievietes, kuras lietoja zāles trešajā trimestrī, ziņoja par smagu elpošanas nomākumu jaundzimušajam, taču to parasti var ārstēt, atrodoties slimnīcā, tāpēc sekas nav ilgstošas. Papildu bažas par zolpidēmu grūtniecības laikā rada iespēja, ka bērni piedzims atkarīgi no narkotikām. Jaundzimušo atkarību no zolpidēma dzimšanas brīdī bieži raksturo abstinences simptomi, kas var ietvert svīšanu, vemšanu un muskuļu sāpes. Visbeidzot, daži jaundzimušie pēc piedzimšanas šķiet ļengani un vāji, kad viņi dzemdē ir bijuši pakļauti zolpidēmam.
Mātes, kuras vēlas izvairīties no šīm iespējamām sekām, tiek mudinātas atrast alternatīvas zolpidēma lietošanai grūtniecības laikā, un šīs zāles drīkst lietot tikai tad, ja viņām ir ārkārtējs bezmiegs un nekas cits nelīdz to ārstēšanai. Vairumā gadījumu bezmiegam vajadzētu izzust pēc grūtniecības; ja tā nav, tad šīs zāles var izrakstīt bez starpgadījumiem. Tomēr mātēm, kas baro bērnu ar krūti, šo zāļu lietošanas laikā jāievēro tie paši piesardzības pasākumi kā grūtniecēm, jo tās izdalās mātes pienā, un ietekme uz zīdaiņiem, kas baro bērnu ar krūti, nav zināma.