Baktēriju noteikšana ir svarīga daudzās nozarēs, lai aizsargātu pārtiku, gaisu un ūdeni no piesārņojuma vai identificētu infekcijas avotu medicīnas vidē. Tradicionālās baktēriju noteikšanas metodes, piemēram, kultūru savākšana, ir efektīvas, taču var paiet stundas vai dienas, lai parādītu rezultātus, un var izlaist lielāko daļu baktēriju veidu. Tiek izstrādātas jaunākas, ātrākas baktēriju noteikšanas metodes, lai racionalizētu procesu un palielinātu noteikšanas ātrumu. Daži no tiem ietver polimerāzes ķēdes reakciju (PCR), infrasarkanās ierīces, kas nosaka baktērijas pārtikā, un ātru skenēšanu, kas nosaka baktēriju piesārņojumu asins trombocītos. Daudzas no šīm metodēm atklāj baktērijas, mērot skābekļa līmeni vai nelielus elektriskus traucējumus, kas norāda uz baktēriju klātbūtni.
Tradicionālā baktēriju noteikšanas metode ir parauga ņemšana, baktēriju kultūras audzēšana un augošo baktēriju skaitīšana. Šo metodi parasti izmanto medicīnas iestādēs, kurās atrodas asins trombocītu produkti. Tā kā trombocītu produkti ir jāuzglabā istabas temperatūrā, tie ir pakļauti lielam baktēriju piesārņojuma riskam.
Tradicionālās kultivēšanas metodes nosaka skābekļa līmeņa izmaiņas, kas norāda uz baktēriju klātbūtni, bet rezultāti var ilgt septiņas dienas. Ir jaunākas, ātrākas sistēmas baktēriju noteikšanai, piemēram, cietās fāzes citometrija, kas trīs minūšu laikā nosaka un saskaita visas fluorescējoši iezīmētās baktērijas.
Tāpat kā metodes, ko izmanto baktēriju noteikšanai trombocītu produktos, baktēriju noteikšanai ūdenī vai gaisā parasti ir nepieciešams trombocītu skaits, kur ūdeni novieto uz agara virsmas un kultūrai ļauj augt. Pēc pietiekama laika, lai baktērijas varētu vairoties, tiek saskaitītas baktēriju kolonijas. Vēl viens veids, kā identificēt baktērijas ūdenī, ir izmantot vīrusu, lai inficētu baktērijas ar fluorescējošām reportiermolekulām, kuras var identificēt ar fluorescences spektroskopiju.
Jaunāka baktēriju noteikšanas metode, kurai ir potenciāls plašam lietojumu klāstam, ir sensors, kas ir pārklāts ar baktēriju antivielām, kurām caur to plūst elektriskā strāva. Kad šis sensors nonāk saskarē ar baktērijām, sensors nosaka frekvences izmaiņas, kas norāda uz baktēriju klātbūtni. Šī tehnoloģija ir izmantota, lai uzlabotu Escherichia coli (E. coli) baktēriju noteikšanu gaļas pārstrādes iekārtās, kā arī mikrocistīna-LR (MC-LR) toksīna noteikšanu dzeramajā ūdenī. Šī tehnoloģija atklāj baktērijas dažu minūšu laikā, savukārt vecākā kultivēšanas metode aizņem stundas līdz dienas.
PCR ir molekulāra baktēriju identifikācijas metode, kurai ir vairākas priekšrocības salīdzinājumā ar citām baktēriju noteikšanas metodēm. Daži aprēķini liecina, ka vairāk nekā 99 procentus no visām cilvēka organismā esošajām baktērijām nevar kultivēt, tādēļ tradicionālās metodes nav piemērotas daudziem lietojumiem. PCR var ļoti ātri noteikt mazu baktēriju daudzumu, izmantojot RNS un DNS amplifikācijas metodes.