Smadzenes un kognitīvā zinātne ir savstarpēji saistītas, jo kognitīvā zinātne ir starpdisciplinārs prāta un intelekta pētījums, un smadzenes ir prāta un intelekta fiziskais un bioloģiskais pamats. Smadzeņu darbība vienmēr ir bijusi noslēpums, taču tehnoloģiskie sasniegumi, piemēram, attēlveidošana, ir radījuši plašāku izpratni par to, kas notiek smadzenēs tādu procesu laikā kā domāšana, atmiņa un sensoro ievades apstrāde. Šie procesi noved pie kognitīvām izmaiņām. Attiecības starp smadzenēm un kognitīvo zinātni ir bioloģiskas, psiholoģiskas un fizioloģiskas.
Kognitīvā zinātne ir salīdzinoši jauna disciplīna, kas sastāv no tādām disciplīnām kā psiholoģija, filozofija, antropoloģija, neirozinātne, socioloģija un izglītība. Tas ir zinātnisks pētījums par to, kas ir izziņa, informācijas apstrādes veids un procesa ietekme uz uzvedību. Sarežģītās smadzeņu attēlveidošanas dēļ tagad ir iespējams analizēt smadzeņu darbību, kamēr tās veic dažādus kognitīvos uzdevumus. Uzvedību var saistīt ar fizioloģisko smadzeņu darbību, kas savukārt ļauj labāk izprast, kā informācija tiek apstrādāta.
Disciplīna, kas visvairāk nodarbojas ar smadzenēm un kognitīvo zinātni, ir kognitīvā neirozinātne. Tas attiecas uz izziņas bioloģiskā pamata zinātnisku izpēti, jo īpaši garīgās apstrādes neironu ceļiem. Būtībā kognitīvās neirozinātnes mērķis ir aprakstīt, kā smadzenes rada prātu, un kognitīvās zinātnes mērķis ir izpētīt prātu. Nav nejaušība, ka kognitīvā zinātne, kognitīvā neirozinātne un sarežģītākas smadzeņu attēlveidošanas metodes radās gandrīz vienlaikus. Studiju jomu var klasificēt kā zinātni tikai tad, ja to var izmērīt, un tas kļuva iespējams tikai ar tehnoloģiju sasniegumiem.
Daudzi principi, kas iegūti, pētot smadzenes un kognitīvo zinātni, tiek piemēroti tādās jomās kā izglītība, mākslīgais intelekts un psihoanalīze. Daudzi smadzeņu darbības veidi joprojām nav zināmi, bet tas, kas kļuvis zināms, ir mainījis lielu daļu no tā, kas tika uzskatīts par patiesību. Piemēram, kādreiz tika uzskatīts, ka smadzenes pārtrauca attīstīties pusaudža gados, bet tagad ir zināms, ka smadzenes turpina attīstīties arī pēc 20 gadu vecuma sasniegšanas. Ir arī atklāts, ka smadzeņu uzņemšana un apstrāde. informāciju nosaka bioloģisko, kognitīvo un psihosociālo faktoru kombinācija, nevis tikai viens faktors, izslēdzot citus. Ir gūtas svarīgas atziņas tādās dažādās jomās kā mācīšanās traucējumi, piemēram, disleksija, valodas apguves process, uzvedības finanses un kognitīvās novirzes un riska uztvere.