Atkinsa diēta gadu gaitā ir saņēmusi gan spēcīgu atbalstu, gan spēcīgu pretestību. Daļa no pretestības izriet no nepatīkamām blakusparādībām, ar kurām saskaras cilvēki, kuri ir izmēģinājuši diētu. Dažas no biežāk sastopamajām Atkinsa diētas blakusparādībām ir galvassāpes, nogurums un kāju krampji. Diētas atbalstītāji apgalvo, ka šīs diētas negatīvās blakusparādības parasti nav ilgstošas, un dažreiz tās atsver pozitīvas Atkinsa diētas blakusparādības, piemēram, palielināta enerģija.
Atkinsa diētas izstrādātāji atzīst, ka parasti diētas ievadīšanas fāzē, kas ir slavenā ierobežojošā sākuma fāze, daži cilvēki izjūt galvassāpes, muskuļu sāpes un nogurumu. Viņi šīs pagaidu Atkinsa diētas blakusparādības saista ar fenomenu, kas pazīstams kā “ogļhidrātu atcelšana”. Aizcietējums ir arī izplatīta problēma, iespējams, tāpēc, ka trūkst šķiedrvielu dārzeņu. Viņi iesaka izmantot šķiedru aizstājējus indukcijas fāzē, ja aizcietējums kļūst apgrūtinošs.
Īstermiņa Atkinsa diētas blakusparādības, par kurām visbiežāk sūdzas paši diētas ievērotāji, ir visas tās, kuras oficiāli atzinis Atkinss, kā arī slikta elpa, fiziskās un garīgās enerģijas un izturības trūkums, kā arī muskuļu zudums. Arī krampji kājās un reibonis ir diezgan izplatītas problēmas, kas var būt pietiekami satraucošas, jo daži diētas ievērotāji pārtrauc ievērot diētu. Slikta elpa bieži tiek skaidrota ar ketonvielu izdalīšanos, kam ir nepatīkama smaka, savukārt fiziskās un garīgās enerģijas samazināšanās tiek skaidrota ar to, ka ķermenis un īpaši smadzenes dod priekšroku ogļhidrātu sadedzināšanai, lai degviela darbotos visefektīvāk. Neskatoties uz to, ka Atkins apgalvo, ka lielākā daļa šo blakusparādību izzūd pēc sākotnējās ievadīšanas fāzes, daudzi diētas ievērotāji vai nu konstatē, ka dažas nepatīkamas blakusparādības saglabājas visu diētas laiku, vai arī viņi nespēj izturēt blakusparādības pietiekami ilgi, lai pārbaudītu, vai problēmas galu galā pazudīs.
Tomēr daži diētas ievērotāji pieturas pie diētas ilgstoši un piedzīvo vairāk pozitīvu blakusparādību nekā negatīvas. Regulāri minētie pozitīvie efekti ietver palielinātu, nevis samazinātu enerģiju un zemāku asinsspiedienu. Dažiem cilvēkiem var rasties ilgstošas negatīvas blakusparādības, jo Atkinsam draudzīgos pārtikas produktos ir ierobežots vitamīnu un minerālvielu daudzums. Turklāt daudzi diētas kritiķi pauž bažas par to, cik daudz dzīvnieku tauku un olbaltumvielu tiek apēsts no dzīvnieku izcelsmes, nevis augu avotiem, kas tiek uzskatīti par sirdij veselīgākiem. Zinātniskie pierādījumi par Atkinsa diētas ilgtermiņa ieguvumiem vai riskiem veselībai ir nedaudz pretrunīgi, un tie var ietvert jebko, sākot no paaugstinātas veselības un dzīves kvalitātes līdz daudz lielākam sirds slimību riskam.