L-karnitīna blakusparādības ir retas. Tomēr, ja parādās simptomi, cilvēki bieži atzīmē nelielu vai mērenu diskomfortu vēderā un gremošanas traktā, galvassāpes un ādas kairinājumu. Dažos gadījumos tiek novērotas urīnpūšļa infekcijas, miega traucējumi un neparasta ķermeņa smaka.
Kā lizīna aminoskābes atvasinājums L-karnitīns palīdz metabolizēt taukus. Tā sniegtā palīdzība ir ļoti svarīga labai veselībai, jo tā piegādā taukskābes tieši šūnu mitohondrijiem. Ja vien cilvēkam nav šī aminoskābes atvasinājuma deficīta, parasti nav nepieciešams palielināt tā klātbūtni organismā. Lai gan tas ir viegli pieejams, patērējot piena produktus un sarkano gaļu, daudzi cilvēki, kuri izvairās no šiem pārtikas produktiem, to vietā iegādājas uztura bagātinātājus un bieži vien interesējas par zināmām L-karnitīna blakusparādībām.
Personas, kas cieš no hemodialīzes un ar vecumu saistītas atmiņas zuduma, var arī gūt labumu no L-karnitīna. Tomēr pētniekiem nav skaidrs, vai šīs aminoskābes papildināšana patiešām novērsīs šādus zaudējumus. Tā kā miega traucējumi ir viena no retāk ziņotajām L-karnitīna blakusparādībām, cilvēki, kuri to lieto, lai palēninātu atmiņas zudumu, bieži vien uzskata, ka tas ir mazāk efektīvs.
Dažkārt saukts vienkārši par karnitīnu vai acetil-L-karnitīnu, veseliem indivīdiem ļoti reti tiek ziņots par blakusparādībām. Dažas blakusparādības, ja tādas ir, pat tiek novērotas cilvēkiem ar citām veselības problēmām. Faktiski ir zināms, ka dažiem HIV pacientiem pretvīrusu zāles, ko lieto HIV infekciju ārstēšanai, faktiski izraisa L-karnitīna deficītu. Šādas blakusparādības parasti tiek ārstētas ar karnitīna piedevu, kas palīdz atjaunot veselīgu tā līmeni organismā.
Lai gan lielākajai daļai cilvēku nav L-karnitīna blakusparādību, tie, kuriem ir problēmas, parasti ziņo par viegliem vai vidēji smagiem simptomiem un traucējumiem, piemēram, izsitumiem uz ādas, aizliktu degunu, sliktu dūšu, caureju un vemšanu. Vairāki pat ir ziņojuši par īpatnēju ķermeņa smaku, kas, iespējams, rodas ķīmiskās mijiedarbības rezultātā ar piedevu, kas notiek organismā. Lai gan ķermeņa smaka ir viena no retāk sastopamajām L-karnitīna blakusparādībām, pētnieki ir atklājuši, ka no tās var izvairīties, lietojot arī riboflavīna piedevas.
Pat ja nav nekādu acīmredzamu L-karnitīna fizisku blakusparādību, ārsti iesaka cilvēkiem, kuri lieto karnitīna piedevas, arī regulāri veikt klīniskās pārbaudes. Tas ir saistīts ar faktu, ka dažas L-karnitīna blakusparādības tiek atklātas tikai medicīniskās pārbaudēs. Pētnieki, kas pārbauda bērnus ar uzmanības traucējumiem, arī ir atklājuši, ka L-karnitīna papildināšana ir zināmā mērā efektīva, taču iesaka šādu ārstēšanu veikt tikai ārsta uzraudzībā, lai blakusparādības varētu rūpīgi uzraudzīt un ārstēt, ja tās rodas.