Homocisteīna līmeni organismā var ietekmēt daudzi dažādi faktori, kas var būt ļoti svarīgi, jo ir zināms, ka paaugstināts līmenis ir saistīts ar paaugstinātu asins recekļu, sirdslēkmes un insultu risku. Daži ģenētiski traucējumi var izraisīt homocisteīna sadalīšanās problēmas, izraisot līmeņa paaugstināšanos. Cilvēkiem, kuri nesaņem pietiekami daudz dažu B vitamīnu, var būt arī paaugstināts līmenis. Vairāki veselības stāvokļi, tostarp vairogdziedzera un nieru slimības, var ietekmēt aminoskābju daudzumu, kā arī daži medikamentu veidi. Sievietēm vecums bieži ir faktors, galvenokārt tāpēc, ka hormonu līmeņa izmaiņas var izraisīt homocisteīna līmeņa izmaiņas.
Cilvēkiem ar ģenētiskiem traucējumiem, kas izraisa mediatoru molekulu, kas palīdz sadalīt homocisteīnu, darbības traucējumus vai pazušanu, parasti ir paaugstināts līmenis. Homocistinūrija, nopietns stāvoklis, ko parasti diagnosticē bērnībā un kurā nav mediatoru molekulu, izraisa neskaitāmas problēmas, kas saistītas ar ārkārtīgi augstu homocisteīna līmeni asinīs. Vieglāks stāvoklis ir hiperhomocisteinēmija, kur mediatora molekulas ir, bet nedarbojas optimālā līmenī.
B vitamīniem ir arī liela nozīme cilvēka homocisteīna līmenī. Folijskābe, vitamīns B6 un vitamīns B12 ir ļoti svarīgi homocisteīna sadalīšanai, un to trūkums izraisa līmeņa paaugstināšanos. Tiem, kuri nesaņem pietiekami daudz šo vitamīnu ar uzturu, var būt nepieciešams lietot uztura bagātinātājus vai ēst vairāk pārtikas produktu, kas tos satur, lai homocisteīna līmenis atgrieztos normālā stāvoklī.
Dažas medicīniskas problēmas var izraisīt paaugstinātu homocisteīna līmeni. Problēmu var izraisīt samazināta vairogdziedzera hormonu ražošana, kā arī nieru slimība. Pie vainas var būt arī ādas slimības psoriāze.
Medikamenti var izraisīt arī homocisteīna līmeņa svārstības cilvēka organismā. Kontracepcijas tablešu lietošana var palīdzēt pazemināt līmeni, jo tās palielina estrogēna līmeni, kas, šķiet, ietekmē homocisteīnu. Pacientiem, kuri lieto zāles epilepsijas ārstēšanai, var būt lielāks homocisteīna daudzums. Vēl viena narkotika, kas var izraisīt līmeņa paaugstināšanos, ir metotreksāts.
Sievietes dzīves laikā var izjust homocisteīna līmeņa izmaiņas estrogēna līmeņa izmaiņu dēļ. Grūtniecēm bieži samazinās līmenis, jo viņām ir vairāk estrogēna nekā parasti. Vecākām sievietēm, kurām ir bijusi menopauze, kad estrogēna līmenis dabiski samazinās, parasti paaugstinās homocisteīns. Estrogēnu piedevu lietošana var palīdzēt tos samazināt.