Agent Orange radītie iedzimtie defekti var ietvert nervu caurules defektus, lūpu un aukslēju šķeltni, papildu ciparus un intelektuālās attīstības traucējumus. Tos izraisa dioksīns, viena no galvenajām šīs ķīmiskās vielas sastāvdaļām. Liela daļa pētījumu par šo tēmu ir saistīti ar ziņojumiem no Vjetnamas veterāniem un Vjetnamas cilvēkiem, kuri Vjetnamas kara laikā ir pakļauti šim defoliantam. Kara laikā lidmašīnas nometa lielu daudzumu herbicīdu, lai ierobežotu Vjetnamas karavīriem pieejamo augu segumu.
Ja nervu caurule, struktūra, kas parādās augļa attīstības sākumā, nespēj pareizi izveidoties, rodas nervu caurules defekts. Tādi stāvokļi kā spina bifida un ancefālija, kad smadzenes pilnībā neveidojas, ir šo iedzimto defektu piemēri no Agent Orange. Citiem bērniem var būt intelektuālie traucējumi, kas var izraisīt dažādas pakāpes traucējumus smadzeņu anomāliju dēļ. Lūpu un aukslēju šķeltne var rasties arī augļa attīstības problēmu rezultātā. Šie apstākļi var būt sarežģīti un grūti ārstējami.
Daži Agent Orange iedzimtie defekti izraisa pacientiem polidaktisku attīstību, kur viņiem ir papildu roku un kāju pirksti. To var ārstēt ar operāciju, un tas nedrīkst radīt ilgstošas problēmas. Trūces ir arī izplatītas, un tās var pārvaldīt arī ar operāciju. Aborts un nedzīvs piedzimšana ir arī iespējamās ķīmiskās iedarbības komplikācijas, ko izraisa iedzimti defekti, kas nav savienojami ar dzīvību. Vecāki, kuriem ir bažas, var lūgt medicīnisku novērtējumu pēc slikta iznākuma grūtniecības laikā, lai izpētītu iespējamos cēloņus.
Pētījumi par iedzimtiem defektiem no Agent Orange liecina, ka tie var rasties, ja kāds no partneriem ir pakļauts ķīmiskajai vielai. Vīriešiem pēc iedarbības var rasties problēmas ar spermu, un viņi var nēsāt spermu ar defektiem vairākas nedēļas pēc iedarbības. Sievietēm, kuras grūtniecības laikā nonāk saskarē ar Agent Orange, var būt bērni ar iedzimtiem defektiem atkarībā no iedarbības laika un intensitātes. Šī ķīmiskā viela var izraisīt arī hroniskas veselības problēmas, kas var veicināt iedzimtus defektus.
Daudzas no šīm iedzimtajām anomālijām var diagnosticēt ar pirmsdzemdību skrīningu, jo tās var redzēt ultraskaņā. Dažos gadījumos cilvēkiem ar iedzimtiem defektiem no Agent Orange var būt tiesības uz kompensāciju vai palīdzību no valdības vai darbinieku kompensācijas fonda atkarībā no iedarbības apstākļiem. Bērnu ar šādiem iedzimtiem defektiem vecāki var apspriest iespējas ar saviem ārstiem. Kompensācija var palīdzēt viņiem samaksāt par operācijām un citām vajadzībām, lai atbalstītu bērnu, jo īpaši, ja Agent Orange iedarbības rezultātā rodas sarežģīta invaliditāte, kurai nepieciešama palīdzība mūža garumā.