Cilvēka gremošanas traktā atrodami daudzu veidu baktērijas. Dažas ir gremošanas baktērijas, kas palīdz gremošanas procesā un palīdz nodrošināt labu veselību. Cita veida baktērijas var apmesties gremošanas traktā un izraisīt veselības problēmas. Gremošanas traktā sastopamie baktēriju veidi ir Lactobacillus, Bifidobacterium un Escherichia.
Lactobacillus acidophilus ir baktēriju veids, kas dzīvo cilvēka tievajās zarnās. To uzskata par labvēlīgu baktēriju veidu dažu iemeslu dēļ. Šīs baktērijas sintezē K vitamīnu un spēj metabolizēt laktozi, kas ir piena produktos atrodams cukura veids. Tas arī ražo vielas, kas novērš kaitīgo baktēriju augšanu un vairošanos gremošanas traktā. Ja cilvēka gremošanas traktā nav pietiekami daudz šo baktēriju, var būt traucēta gremošana.
Bieži vien cilvēki koncentrējas uz Lactobacillus acidophilus spēju kavēt kaitīgo baktēriju augšanu. Šīs gremošanas baktērijas arī palīdz organismam ražot B grupas vitamīnus. Tiek uzskatīts, ka baktērijas palīdz uzturēt holesterīnu normālā līmenī.
Bifidobacterium ir cita veida draudzīgas baktērijas, kas atrodamas cilvēka gremošanas traktā. Tas dzīvo cilvēka resnajā zarnā, un tam ir svarīga loma ķermeņa aizsardzībā pret dažiem rauga veidiem, kā arī baktērijām, kas ir kaitīgas, nevis noderīgas. Šī baktērija var traucēt baktēriju darbību, kas izraisa zarnu iekaisumu un izraisa caureju. Tas darbojas, kavējot baktēriju spēju augt. Tas var arī palīdzēt organismam ražot B vitamīnu.
Streptococcus thermophilus ir gremošanas baktērijas, kas palīdz organismam ražot laktozes enzīmus. Šie fermenti ir svarīgi piena produktu sagremošanai. Šī baktērija arī palīdz aizsargāt cilvēka kuņģa-zarnu trakta gļotādu, kad piens un piena produkti iziet cauri gremošanas procesam. Patiesībā šī baktērija pat palīdz cilvēkiem izvairīties no nepatīkamajiem laktozes nepanesības simptomiem.
Daudzi cilvēki ir dzirdējuši par Escherichia coli, ko parasti saīsina kā E. coli. Šāda veida baktērijas bieži ir vaininieces, ja kādam attīstās gremošanas slimība, piemēram, tās, kas izraisa vemšanu un caureju. Tomēr Escherichia coli ir vesela baktēriju grupa, un dažas no tām ir draudzīgas. Daži šo gremošanas baktēriju celmi palīdz organismam sagremot augu pārtiku. Daži arī palīdz organismam ražot K vitamīnu.