Sanfrancisko līcī ir izkaisītas 18 salas, tostarp neapdzīvotas klintis, aizsargājami savvaļas dzīvnieku patvērumi un attīstītas salas ar ievērojamām populācijām. Dažas no Sanfrancisko līča salām ir diezgan slavenas, kā tas ir Alkatrasas gadījumā. Daudzi no tiem ir pieejami tikai ar privātiem peldlīdzekļiem, piemēram, buru laivām, un katrai no tām ir unikālas iezīmes, kuru dēļ ir vērts to apmeklēt, ja varat tur nokļūt.
Daudzas salas ir izveidotas kā parki un patvērumi. Angel Island ir valsts parks, kas pieejams ar prāmi no vairākām vietām ap līci, un Alkatrasa ir nacionālais parks. Apmeklētāji šajās salās ir laipni gaidīti visu gadu, lai gan vasara ir apmeklējuma sezona. Ir arī vairāki savvaļas dzīvnieku patvērumi, tostarp Austrumu un Rietumu Marinas salas, Brūksas sala un Beiras sala. Brūksailenda ir daļa no East Bay reģionālo parku rajona, un tajā atrodas migrējoši putni, mitrāji un pastaigu takas. Bēras sala ir plašs savvaļas dzīvnieku patvērums Dienvidu līcī, un tā ir nozīmīga līča apgabala ekoloģijas sastāvdaļa.
Sanfrancisko līcī ir arī vairākas salas, kas ir nedaudz vairāk par izslavētiem klinšu atsegumiem. Tie ietver Red Rock Island, kas atrodas Richmond Bridge rietumu pusē, kā arī East un West Sisters, Ballena Bay Island blakus Alameda un Pat Rock. Red Rock Island ir arī vienīgā privātīpašumā esošā Sanfrancisko līča sala, lai gan fakts, ka tā tehniski atrodas trīs apgabalos, padara iespējamo attīstību par izaicinājumu.
Līcī ir arī apdzīvotas salas. Viena, Krasta apsardzes sala, ir paredzēta tikai militārām vajadzībām. Visas pārējās apdzīvotās salas ir atvērtas sabiedrībai. Yerba Buena sala atrodas Sanfrancisko līča tilta vidū, un tajā dzīvo civiliedzīvotāji, kā arī neliela krasta apsardzes stacija. Treasure Island — mākslīga sala, kas pievienota Yerba Buenai ar ceļmalu, ir bijusī jūras spēku bāze, kuras ziemeļu galā atrodas civiliedzīvotāji. Alameda, sala, kas atrodas tieši pie Oklendas krastiem, ir pieejama pa vairākiem ceļiem, un tajā ir ievērojama Viktorijas laikmeta un karalienes Annas arhitektūras piemēru kolekcija.
Šīs salas, kā redzams, ir diezgan daudzveidīgas. Daudzi līča apgabala iedzīvotāji var nosaukt tikai dažas no 18 salām, tāpēc sagatavojieties pārsteigt cilvēkus ar savām zināšanām par vietējo. Sanfrancisko līča salu daudzveidīgās dzīvesvietas un dabas rezervāti arī nodrošina interesantu līča apgabala dzīves šķērsgriezumu gan cilvēku, gan dzīvnieku dzīvē.