Bieži tiek uzskatīts, ka antiseptiķi un antibiotikas ir vienādas to kopīgo īpašību dēļ, taču ir dažas galvenās atšķirības, kas tos atšķir. Parasti antiseptiķi vājina un palēnina baktēriju un citu mikroorganismu augšanu, kas savukārt palīdz novērst baktēriju turpmāku infekciju. Tomēr antibiotikas faktiski nogalina baktērijas, kā arī dažu veidu sēnītes un parazītus. Atšķirībā no vairuma antiseptisku līdzekļu, pēc ilgstošas lietošanas baktērijas var kļūt rezistentas pret antibiotikām. Daži antiseptiķi var kavēt dzīšanas procesu un pasliktināt brūces stāvokli.
Viena no galvenajām atšķirībām starp antiseptiķiem un antibiotikām ir tas, kā tie darbojas pret baktērijām un citiem mikroorganismiem. Antiseptiķi tikai palēnina baktēriju augšanu, nevis iznīcina tās. Atšķirībā no antibiotikām, antiseptiķi ir iedarbīgi arī pret citiem mikroorganismiem, padarot tos potenciāli labvēlīgus cīņā pret citām infekcijām. Antibiotikas nogalina baktērijas, taču tiek uzskatīts, ka tās ir neefektīvas pret daudziem citiem infekciju veidiem. Tiek uzskatīts, ka antibiotikas var cīnīties pret noteiktiem parazītiem un sēnītēm organismā, taču parasti tām ir nepieciešama recepte, jo tiek uzskatīts, ka tās ir spēcīgākas.
Svarīga atšķirība starp antiseptiķiem un antibiotikām ir tā, ka baktērijām, iespējams, izveidosies imunitāte pret noteiktām antibiotikām pēc ilgstošas lietošanas vai tad, ja antibiotiku terapija nav pabeigta. Nav apstiprināts, ka baktērijām ir tāda pati reakcija, ilgstoši lietojot antiseptiskus līdzekļus. Lai novērstu imunitāti pret antibiotikām, veselības aprūpes speciālists var ieteikt pilnībā pabeigt antibiotiku terapiju, lai nodrošinātu, ka visas baktērijas ir iznīcinātas, vai lietot dažādas antibiotikas noteiktām slimībām.
Dažu veidu antiseptiķi var arī kavēt dzīšanu un kairināt ādu, un tiem bieži ir nepieciešamas īpašas lietošanas metodes. Piemēram, ūdeņraža peroksīdam var būt nepieciešams, lai vieta pilnībā izžūtu pirms pārsēja lietošanas, savukārt fenols var izraisīt turpmākus ādas bojājumus, ja tiek izmantots pārsējs. Nav zināmas līdzīgas antibiotiku blakusparādības. Tādējādi, ja ir iespēja izvēlēties starp antiseptiķiem un antibiotikām ādas brūču ārstēšanai, parasti ieteicams lietot antibiotisku krēmu.
Tā kā antiseptiķi ir ierobežoti, tos parasti lieto lokāli, lai novērstu vairāk baktēriju un citu mikroorganismu iekļūšanu atklātās brūcēs, taču daži mutes dobuma antiseptiķi pastāv. Ir daži reti gadījumi, kad vienas un tās pašas infekcijas, piemēram, noteiktu urīnceļu infekciju, ārstēšanai var būt antiseptiķi un antibiotikas. Šajā gadījumā precīzu ārstēšanu var noteikt urīnceļu infekcijas smaguma pakāpe un veids. Antibiotikas galvenokārt lieto iekšķīgi, parasti penicilīna veidā, lai iznīcinātu infekciju organismā. Ir dažas antibiotikas, kuras var lietot lokāli, un, tāpat kā perorālajām antibiotikām, tām parasti ir nepieciešama recepte.