Pastāv liela atšķirība starp garīgo atpalicību un autismu. Autisms nav garīgās atpalicības veids, lai gan šķiet, ka daudzi autisti uzvedas kā cilvēki, kas cieš no atpalicības. Patiesībā autisma cilvēki parasti ir ļoti inteliģenti. Gluži pretēji, cilvēkiem, kuriem ir garīga atpalicība, pēc definīcijas trūkst ikdienas dzīvei nepieciešamo prasmju un intelektuālās spējas ir zemākas par vidējo.
Austiskajiem cilvēkiem ir neiedomājama maņu pieredze. Daudzos gadījumos viņi var jutīgi reaģēt uz situācijām. Viņiem var būt arī grūti interpretēt to, ko viņi piedzīvo. Tā rezultātā viņi parasti izvairās no citu cilvēku pieskaršanās. Viņu smadzenēm var būt nepietiekamas sajūtas, lai pārējais ķermenis zinātu, kas notiek, kas galu galā izraisa lielāku apjukumu autisma cilvēkam.
Arī dzirdes un redzes problēmas cilvēkiem ar autismu ir atšķirīgas. Daudzi trokšņi, ko viņi dzird, sāpina viņu ausis, jo viņi nevar pareizi apstrādāt skaņu. Kad cilvēki ar viņiem runā, ir grūti saprast, kas tiek teikts. Salīdzinot redzes spējas cilvēkiem ar garīgu atpalicību un autisma slimniekiem, autisma cilvēkiem ir grūtāk atpazīt dažādas sejas. Spilgtas gaismas un mirgojošas frekvences padara objektu saskatīšanu par sarežģītu uzdevumu.
Garīgās atpalicības un autisma cēloņi ir saistīti ar vairākiem riska faktoriem. Infekcija, piemēram, meningīts, kas ir dzimšanas brīdī vai rodas pēc tam, var palielināt garīgās atpalicības iespējamību. To var izraisīt arī hromosomu anomālijas un iedzimti vielmaiņas traucējumi, piemēram, Tay-Sachs slimība. Autisma gadījumā to var veicināt patoloģiska smadzeņu attīstība vai bumbuļveida skleroze. Autisms ir gala rezultāts daudzajiem traucējumiem, kas ietekmē smadzeņu pareizu augšanu.
Aplūkojot atšķirības starp šiem diviem stāvokļiem, garīgās atpalicības variācijas tiek iedalītas trīs vispārīgās kategorijās. Cilvēkiem var būt viegla atpalicība, vidēji smaga vai smaga atpalicība vai dziļa garīga atpalicība. Vieglas atpalicības pazīmes ietver tikai ierobežotu atbalsta nepieciešamību un vieglas attīstības kavēšanās. Smaga garīga atpalicība norāda, ka personai ir zīdaiņa vai mazuļa mentalitāte, neskatoties uz to, ka tā ir pieauguša. Dziļais līmenis var prasīt, lai persona tiktu institucionalizēta.
Atsevišķi ārstēšanas plāni ir ieteicami garīgai atpalicībai un autismam. Galvenais mērķis, ārstējot cilvēkus ar garīgu atpalicību, ir attīstīt viņus pēc iespējas pilnīgāk. Zinātkāres trūkums un pastāvīga zīdaiņiem līdzīga uzvedība ir garīgās atpalicības pazīmes. Autisma gadījumā nav galvenā ārstēšanas protokola. Pētījumi liecina, ka strukturētas uzvedības programmas vislabāk darbojas autisma cilvēkiem.