Daudzi diētas ievērotāji ir ziņojuši par saikni starp Atkinsa diētu un aizcietējumiem, īpaši, ja viņi uzturas diētas ievadfāzē. Šī fāze ilgst apmēram divas nedēļas, un to raksturo ļoti zems ogļhidrātu patēriņš. Jebkuras izmaiņas ēšanas paradumos var izraisīt tādas problēmas kā aizcietējums, taču, tā kā ķermenis pierod pie izmaiņām un pēc ievadfāzes ir atļauts ēst vairāk, aizcietējuma problēma nav tik izplatīta. Atkinsa diētas laikā ir jāievēro stratēģijas, un aizcietējumiem vajadzētu izzust pēc dažām dienām vai nedēļām.
Aizcietējums ir daudzu zemu ogļhidrātu diētu bieža blakusparādība. Viens no Atkinsa diētas pārmetumiem ir tāds, ka ievadīšanas fāzē diētas ievērotāji patērē mazāk nekā 7% no minimālās ikdienas šķiedrvielu daudzuma. Koncentrēšanās uz augstu olbaltumvielu līmeni var arī saasināt saikni starp Atkinsa diētu un aizcietējumiem, jo liela gaļas un siera uzņemšana var izraisīt zarnu darbības traucējumus.
Ķermenim ir jābūt šķiedrām, lai tas varētu atbrīvoties no atkritumiem. Augļi, dārzeņi un pilngraudu produkti, piemēram, maize un graudaugi, ir parastie šķiedrvielu avoti vidēji veselīgā uzturā. Ieteicamo 21 gramu šķiedrvielu dienā var būt diezgan grūti patērēt, ievērojot diētu ar zemu ogļhidrātu saturu, piemēram, Atkinsa diētu, un diezgan bieži rodas aizcietējums. Dažos gadījumos problēma var kļūt pietiekami nopietna, lai būtu nepieciešama medicīniska palīdzība.
Lai diētas laikā izvairītos no aizcietējumiem, ir jāizdzer astoņas glāzes ūdens, jo ūdens trūkums ir galvenais aizcietējuma cēlonis. Ja tam nav nekādas ietekmes, var palīdzēt papildu šķiedras, piemēram, linu sēklas vai kviešu klijas, patēriņš. Salāti un dārzeņi, īpaši zaļie, lapu dārzeņi, piemēram, spināti, kāposti un brokoļi, ir pilnīgi pieņemami diētai neierobežotā daudzumā, tāpēc, ja tie ir daļa no lielākajām ēdienreizēm, palielināsies šķiedrvielu uzņemšana. Palielinot fizisko slodzi, vajadzētu arī palīdzēt ārstēt aizcietējumus Atkinsa diētas laikā. Šķiedrvielu piedevas ir ieteicamas īpaši Atkinsa diētas 1. fāzē jeb indukcijas fāzē, lai kompensētu ietekmi, ko rada mazāka šķiedrvielu satura ēšana.
Citas Atkinsa diētas blakusparādības ir nogurums, reibonis, galvassāpes un vājums, un tās galvenokārt ir saistītas ar krasu ogļhidrātu samazināšanos diētas sākumposmā. Laika gaitā Atkinsa diēta ir mainījusies un nedaudz atvieglojusi savu pieeju, lai novērstu bažas un ziņojumus par blakusparādībām. Pirms šīs vai jebkuras citas diētas uzsākšanas ieteicams konsultēties ar ārstu, īpaši, ja ir veselības problēmas.