Dažas atšķirības starp metadonu un morfīnu ir to pussabrukšanas periods, izmaksas un lietojumi. Metadons un morfīns ir ļoti atšķirīgi tikai atkarībā no tā, cik ilgi tie darbojas, jo metadons darbojas vismaz desmit reizes ilgāk nekā morfīns. Veselības aprūpes speciālisti dažkārt dod priekšroku metadonam tā salīdzinoši zemo izmaksu dēļ. Metadons ir iecienīts arī situācijās, kad esošajiem vai bijušajiem narkomāniem ir nepieciešami pretsāpju līdzekļi, jo pacienti ne tik ātri kļūst no tiem atkarīgi.
Metadons organismā saglabājas daudz ilgāk nekā morfijs. Morfīna pussabrukšanas periods ir divas līdz trīs stundas, savukārt metadona pusperiods ir 24 stundas vai ilgāks. Ķermenim apstrādājot šīs zāles, tās arī izdalās dažādos veidos. Metadons izdalās caur pacienta urīnu, savukārt morfīns vispirms iziet caur nierēm un žultsvadiem.
Vēl viena atšķirība starp metadonu un morfīnu ir tā, ka metadons kopumā ir daudz lētāks. Morfīna ražošana ir dārga, un tas jāizmanto lielākos daudzumos nekā metadons. Daži ārsti šī iemesla dēļ dod priekšroku metadonam, īpaši, strādājot ar finansiāli nestabiliem pacientiem. Tomēr zāles ir saskārušās ar kritiku, jo tās laiku pa laikam ir parakstītas nelielām sāpēm. Metadonu nedrīkst lietot vieglu sāpju mazināšanai, kā arī to nedrīkst lietot nejauši, jo pārdozēšana ir salīdzinoši vienkārša.
Metadons un morfīns tiek izmantoti dažādās situācijās. Parasti metadonu lieto situācijās, kad morfīns nav iedarbojies vai arī pacients agrāk ir ļaunprātīgi lietojis narkotiskās vielas. Ja morfīnu ievada pacientiem, kuri reiz ļaunprātīgi lietojuši narkotiskās vielas, pacients var sajust līdzīgu augstu un recidīvu. Lai gan metadons var izraisīt abstinences simptomus, ja to lieto ilgstoši, tas tiek uzskatīts par drošāku par morfiju.
Morfīns ir atkarību izraisoša narkotika, tāpēc lielākajā daļā vietu tā ir kontrolējama viela. No otras puses, lai gan metadons var veikt dažas no tām pašām funkcijām, tas netiek uzskatīts par atkarību izraisošu. Abas zāles bieži tiek stingri kontrolētas, regulāri veicot ambulatoro pacientu pārbaudes, lai pārliecinātos, ka zāles tiek lietotas pareizi.
No otras puses, metadonam un morfīnam ir daudz kopīga. Tos abus lieto mērenu vai smagu sāpju mazināšanai, turklāt tie ir pieejami šķidrā un kapsulu veidā. Abām pretsāpju zālēm var būt arī dzīvībai bīstamas blakusparādības, piemēram, palēnināta elpošana vai smags reibonis. Ja tiek novērotas smagas blakusparādības, personai pēc iespējas ātrāk jāmeklē medicīniskā palīdzība. Nevienu no šīm zālēm nevajadzētu lietot kopā ar alkoholu, jo tas var palielināt blakusparādību, piemēram, reiboņa, iespējamību.