Ciprofloksacīnu bieži lieto, lai cīnītos pret bakteriālām infekcijām, taču ir dažas blakusparādības, ko var sagaidīt, lietojot šīs zāles. Dažas no visbiežāk sastopamajām sekām ir saistītas ar kuņģa zonu, jo tās mēdz ietvert sliktu dūšu, caureju, grēmas un vemšanu. Dažiem pacientiem var rasties arī galvassāpes, maksts nieze un pārmērīga urinēšana, lai gan šādas ciprofloksacīna blakusparādības parasti neprasa tūlītēju medicīnisko palīdzību. No otras puses, par dažām negatīvām pazīmēm vajadzētu pēc iespējas ātrāk pieminēt ārstu, piemēram, par izsitumiem, drudzi, depresiju vai gripai līdzīgiem simptomiem. Daži pat pieprasa neatliekamo palīdzību, jo tie var būt dzīvībai bīstami, tostarp spiedoša sajūta kaklā, sēkšana un neregulāra sirdsdarbība.
Daudzi pacienti, kuri lieto šīs zāles, cietīs no dažām blakusparādībām, līdz viņu ķermenis pieradīs, un tad simptomiem vajadzētu mazināties. Kuņģa problēmas ir dažas no visbiežāk sastopamajām ciprofloksacīna blakusparādībām, piemēram, caureja, slikta dūša un vemšana. Var rasties arī grēmas un sāpes kuņģī, ko var pavadīt galvassāpes un steidzama urinēšana. Visbeidzot, mātītes var pamanīt izdalīšanos no maksts un niezi. Lai gan šīs ciprofloksacīna blakusparādības bieži ir apgrūtinošas, tās netiek uzskatītas par dzīvībai bīstamām, tāpēc pacienti, kuri tās pamana, tiek mudināti turpināt zāļu lietošanu, līdz viņi nākamajā tikšanās reizē var pieminēt šo problēmu savam ārstam.
Dažas ciprofloksacīna blakusparādības netiek uzskatītas par normālām un var izraisīt nopietnas problēmas. Piemēram, daži cilvēki pamana nelabvēlīgus fiziskus simptomus, kas var ietvert izsitumus uz ādas, nātreni, pēkšņus zilumus un trīci. Citi var pieņemt, ka viņiem ir gripa, jo var rasties nogurums, drudzis un apetītes zudums. Tas, ko šie pacienti nevar sagaidīt, ir izmaiņas garīgajā stāvoklī, jo šīs zāles var izraisīt depresiju, trauksmi, apjukumu un paranoju. Šīs ciprofloksacīna blakusparādības var uzskatīt par bīstamām, jo tās var izraisīt pašnāvību vai autoavārijas, lai gan bezmiegs, murgi un halucinācijas ir biežākas.
Lai gan par visām ciprofloksacīna blakusparādībām jāziņo ārstam, dažām ir nepieciešama neatliekamā palīdzība. Piemēram, šo zāļu lietošanas laikā var būt grūti elpot, jo kakls var uzbriest. Tas bieži izraisa sēkšanu, sasprindzinājuma sajūtu kaklā un apgrūtinātu rīšanu. Sirdsdarbība var arī kļūt neregulāra, pukstēt ātrāk nekā parasti, daļēji tāpēc, ka ķermenis ir panicis, ka nevar viegli elpot. Var rasties arī krampji un ģībonis, tādēļ ir ļoti svarīgi pēc iespējas ātrāk saņemt medicīnisko aprūpi.