Lielākā daļa elektromagnētiskā starojuma neiziet cauri Zemes atmosfēru. Cilvēkiem par to vajadzētu būt pateicīgiem, it kā tā būtu, dzīvība, kāda tā ir zināma, nepastāvētu. Kaitīgie rentgena stari, gamma stari un ultravioletā gaisma, kas lielākoties nāk no Saules, lielākoties tiek absorbēti augšējos atmosfēras slāņos. Lielu daļu infrasarkanā starojuma absorbē arī oglekļa dioksīds un ūdens tvaiki atmosfērā. Ja tā nebūtu, šķidrais ūdens uz virsmas tiktu uzkarsēts līdz vārīšanās temperatūrai un iztvaikotu, atstājot sausu planētu, kas līdzīga Venērai. Elektromagnētiskie viļņi, kas pārsniedz aptuveni 10 m (garu viļņu garuma radioviļņi), tiek absorbēti lādētu daļiņu segumā, kas ieskauj Zemi, ko sauc par jonosfēru.
Acīmredzamākā viļņu garumu kategorija, ko atmosfēra neabsorbē, ir redzamā gaisma ar amplitūdu no aptuveni 300 līdz 700 nm. Tā kā šīs ir viena no visievērojamākajām kategorijām, ko neuzsūc atmosfēra, jo tās bieži ģenerē daudzas izplatītas ķīmiskas reakcijas, un daudzu citu iemeslu dēļ, ir tikai dabiski, ka organismiem, kas attīstījušies uz Zemes virsmas, ir izveidojušies maņu orgāni. labi pieskaņots tam.
Pie elektromagnētiskā viļņa garuma, kas ir īsāks par violetu, kas beidzas pie aptuveni 280 nm, atmosfēras caurlaidība strauji samazinās līdz gandrīz nullei. Viļņu garumi, kas ir garāki par sarkano, spektra infrasarkanajā daļā zināmā mērā iziet cauri. Tos lokāli ģenerē arī viss, kas ražo siltumu, un daži organismi ir attīstījuši pielāgojumus, kas nodrošina ierobežotu infrasarkano redzamību.
Radioviļņi ar viļņu garumu no aptuveni 5 cm līdz 10 m viegli izkļūst cauri atmosfērai. Tāpēc šie viļņi, iespējams, ir trešā visvairāk atpazīstamā elektromagnētiskā spektra daļa aiz redzamās gaismas un infrasarkanā starojuma. Atmosfēras viļņu caurspīdīgums ļauj izmantot radio tehnoloģiju, kā arī sarežģītas radio observatorijas, kas sniedz pētniekiem informāciju par Visumu. Astronomiskās observatorijas, kuru mērķis ir iegūt informāciju par atmosfēras bloķētajiem elektromagnētisko viļņu garumiem, ir jāpeldina uz augstkalnu baloniem vai jāizvieto uz satelītiem orbītā.