Bioķīmiķa nopelnītajā algā var būt vairāki faktori. Dažus no šiem faktoriem var kontrolēt bioķīmiķis, savukārt citi var būt vairāk pakļauti nozares mēroga ietekmei, ko bioķīmiķis nevar kontrolēt. Bioķīmiķa algu diapazons var ļoti atšķirties, un ir svarīgi ņemt vērā ietekmi uz algu, izvērtējot darba piedāvājumu, lai noteiktu, vai alga ir saprātīga.
Viens no lielākajiem bioķīmiķa algas noteicošajiem faktoriem ir vieta, kur strādā bioķīmiķis. Dažādām valstīm ir radikāli atšķirīgas atalgojuma skalas un dzīves dārdzība. Piemēram, Lielbritānijā strādājošs bioķīmiķis, iespējams, nopelnīs vairāk nekā bioķīmiķis, kas strādā Indijā, vienkārši atšķirīgo dzīves izmaksu dēļ. Tāpat bioķīmiķis, kas strādā starptautiskā uzņēmumā, var nopelnīt vairāk nekā vietējais uzņēmums. Nozīme ir arī uzņēmuma veidam, kurā strādā bioķīmiķis. Farmācijas uzņēmumi mēdz maksāt ļoti lielas algas, savukārt valsts aģentūrām algām ir pieejams mazāks finansējums.
Vēl viens bioķīmiķa algas faktors ir bioķīmiķa apmācības apjoms. Jo augstāks koledžas grāds, jo lielāka alga parasti. Lielāka bioķīmiķa pieredze var palielināt arī bioķīmiķa atalgojumu, kā arī īpašas sertifikācijas un apmācības. Piemēram, bioķīmiķis, kurš strādājis augstā līmenī un ļoti drošā laboratorijā, tiks uzskatīts par pievilcīgāku darba kandidātu nekā bioķīmiķis, kurš to nav izdarījis, kas nozīmē, ka pieredzējušāks bioķīmiķis var pieprasīt un saņemt lielāku atalgojumu.
Uzņēmuma lielumam var būt nozīme arī attiecībā uz bioķīmiķa algu, tāpat kā uzņēmuma būtībai. Bezpeļņas organizācijas maksā mazāk, savukārt peļņas organizācijas maksā vairāk. Daļēji tas ir saistīts ar pieejamo finansējumu, un daļēji tas ir saistīts ar organizācijas būtību. Svarīgs ir arī veicamā darba veids. Uzlabotas izpētes rezultātā būs lielāka bioķīmiķa alga, savukārt laboratorijas materiālu ikdienas apstrāde maksās mazāk. Arī publikāciju vēsture zinātniskajos žurnālos paaugstinās bioķīmiķa atalgojumu, kā arī dalība konferencēs un citos profesionālās pilnveides veidos.
Svarīgi ir arī amatu nosaukumi. Jo augstāks ir amata nosaukums, jo lielāka alga, pat ja divi cilvēki ar atšķirīgiem nosaukumiem veic gandrīz vienu un to pašu darbu. Tas ir viens no iemesliem, kāpēc cilvēki ir ļoti uzmanīgi, runājot par amatu nosaukumiem, pievēršot uzmanību citiem nosaukumiem, ko izmanto uzņēmumā un laboratorijā. Svarīgas var būt arī līgumsaistības. Ja bioķīmiķis paraksta līgumus, kas norāda, ka viņa pavadīs ilgu laiku uzņēmumā un nestrādās konkurējošajos uzņēmumos, uzņēmums maksās vairāk, apliecinot darbinieka augsto saistību līmeni.