Ievadot heparīnu, pareiza deva ir ārkārtīgi svarīga, jo pārāk mazai devai nebūs pietiekami daudz antikoagulanta iedarbības uz pacienta veselības stāvokli, savukārt pārāk liela deva var izraisīt asiņošanu, kas var izraisīt nāvi. Pareiza heparīna deva ir atkarīga no vairākiem faktoriem, tostarp pacienta ķermeņa svara, vispārējā stāvokļa un aktīvā daļējā tromboplastīna laika (aPTT), kas ir laiks sekundēs, kas nepieciešams, lai asinis sarecētu. Citus ķermeņa svara mainīgos lielumus var izmantot, lai aprēķinātu ar svaru saistītu heparīna devu, tostarp pielāgojumus pacientiem ar aptaukošanos. Visbeidzot, ievadīšanas laikā stāvokļa izmaiņas, nozīmīga asiņošana un hemodinamikas stabilitātes izmaiņas var norādīt uz nepieciešamību pielāgot heparīna devu.
Kopš heparīna pirmo reizi tika atklāts un plaši izmantots 20. gadsimta sākumā, ir izteikti atšķirīgi viedokļi par to, kā noteikt devu. Ārsti ir apsprieduši dozēšanas, kas balstītas uz svaru, un bez svara izmantošanu, un pašreizējais dominējošais viedoklis atbalsta uz svaru balstītu devu. Heparīna deva, kas nav atkarīga no ķermeņa masas, norāda sākotnējo bolus 5,000 vienību ar infūziju 1,000 vienību stundā.
Pašreizējās uz svaru balstītās vadlīnijas norāda, ka sākotnējā bolusa ievadīšana ir 80 vienības uz kilogramu faktiskā ķermeņa svara (ABW) un uzturošā infūzija 18 vienības uz kilogramu ABW stundā, ja aPTT ir mazāks par 35 sekundēm. Korekcijas tiek veiktas, pamatojoties uz periodiskiem aPPT novērtējumiem, parasti aptuveni ik pēc sešām stundām. APPT novērtējums atklāj, cik labi heparīns darbojas organismā. Trombocītu skaits un pilnīga asins aina (CBC) var arī palīdzēt noteikt, vai ir nepieciešama heparīna devas pielāgošana.
Dažkārt tiek izmantots cits uz svaru balstīts heparīna dozēšanas protokols, pamatojoties uz aprēķiniem, kas ietver faktisko ķermeņa svaru un liesās ķermeņa svaru kilogramos. Tiek aprēķināts pacienta augums collās. No kopējās summas tiek atņemti sešdesmit. Atbilde tiek reizināta ar 2.3 un pēc tam tiek pievienota 50 vīriešiem un 45 mātītēm. Atbilde ir vienāda ar pacienta liesās ķermeņa masu (LBW) kilogramos.
Ja ABW ir vairāk nekā 1.4 reizes lielāks par LBW, pacients tiek uzskatīts par aptaukošanos. Lai ņemtu vērā palielinātu asins tilpumu aptaukošanās pacientam, tiek izmantota cita formula. Šajā gadījumā dozēšanas svaru aprēķina, ņemot starpību starp ABW un LBW, rezultātu reizinot ar 0.4 un pievienojot rezultātu LBW. Daži ārsti neizmanto šo formulu, norādot, ka palielinātam asins tilpumam pacientam ar aptaukošanos ir minimāla ietekme uz heparīna devu.