Autoimūnās slimības liek organisma imūnsistēmai uzbrūk veselām šūnām un audiem, kas tiek sajaukti ar slimiem audiem vai kaitīgām šūnām. Ir daudz dažādu autoimūno slimību veidu, un bieži vien ir nepieciešamas dažādas ārstēšanas metodes. Kuras ķermeņa daļas ir skārusi slimība, palīdz ārstiem noteikt, kuras ārstēšanas metodes būtu vislabākās. Visbiežāk skartās ķermeņa daļas ir vairogdziedzeris, aizkuņģa dziedzeris, muskuļi, āda, asinsvadi un locītavas. Autoimūno slimību ārstēšana var ietvert imūnsupresīvus medikamentus, hormonus, uztura bagātinātājus, asins pārliešanu un fizikālo terapiju.
Imūnsupresīvas zāles tiek izmantotas daudzos autoimūno slimību ārstēšanas plānos. Šīs zāles samazina imūnsistēmas uzbrukumus orgāniem, locītavām, muskuļiem un citiem audiem. Imūnsupresīvās zāles dažiem pacientiem var izraisīt nopietnas blakusparādības, tāpēc tās jālieto tieši tā, kā noteikts, un ārstiem rūpīgi jāuzrauga pacienti, kuri lieto šīs zāles, vai nerodas nieru vai aknu darbības traucējumu pazīmes. Pacienti, kuri lieto imūnsupresīvus medikamentus autoimūno slimību ārstēšanai, var būt vairāk pakļauti nopietnām infekcijām, tāpēc viņiem ir jāveic piesardzības pasākumi, lai saglabātu veselību, un jāsazinās ar savu ārstu, ja viņi saslimst vai rodas inficēta brūce.
Hormoni un uztura bagātinātāji var palīdzēt aizstāt trūkumus, ko izraisa autoimūna slimība. Atkarībā no slimības veida pacientiem autoimūno slimību ārstēšanā var būt nepieciešami vairogdziedzera uztura bagātinātāji, insulīna injekcijas vai vitamīnu piedevas. Pacienti ar autoimūnām slimībām nedrīkst lietot uztura bagātinātājus, augus vai vitamīnus, ja vien to nav ieteicis ārsts, jo šīs vielas var mainīt orgānu darbību un imūnsistēmas darbību.
Pacientiem, kuriem diagnosticēta autoimūna slimība, kas ietekmē asinis, var būt nepieciešama regulāra asins pārliešana. Dažas slimības izraisa imūnsistēmas uzbrukumu organisma sarkanajām asins šūnām, kas transportē skābekli visā ķermenī. Asins pārliešana var izraisīt komplikācijas, tostarp ar asinīm pārnēsātu slimību pārnešanu, alerģisku reakciju un dzelzs uzkrāšanos, kas var bojāt aknas un sirdi. Helātu terapija, kas noņem lieko dzelzi, dažiem pacientiem var būt nepieciešama kopā ar asins pārliešanu autoimūno slimību ārstēšanai.
Fizikālā terapija var palīdzēt samazināt sāpes un pietūkumu, kā arī palielināt mobilitāti pacientiem ar slimībām, kas ietekmē muskuļus un locītavas. Nesteroīdie pretiekaisuma līdzekļi, piemēram, ibuprofēns un naproksēns, var arī palīdzēt samazināt iekaisumu, kas saistīts ar imūnsistēmas uzbrukumiem šiem mīkstajiem audiem. Daudziem pacientiem ar autoimūnām slimībām ir jāapmeklē ārsti, kas specializējas noteiktā ķermeņa zonā, piemēram, pie locītavu un muskuļu reimatologiem vai ar vairogdziedzera un aizkuņģa dziedzera izraisītu autoimūnu slimību endokrinologiem.