Ne visas baktēriju formas ir kaitīgas; mazāk nekā 1% ir slimības vai infekcijas avots. Diemžēl šis nelielais procents bieži izraisa dažas nepatīkamas un dažreiz nāvējošas kaites. Baktēriju infekciju ārstēšana gandrīz vienmēr ietver antibiotiku iekšķīgu uzņemšanu vai lokālu lietošanu. Vienīgais briesmas ar šo ārstēšanas kursu ir tas, ka gan cilvēkiem, gan baktērijām var rasties imunitāte pret antibiotikām.
Pirms bakteriālas infekcijas ārstēšanas izrakstīšanas ārstam ir jāidentificē konkrētā baktērija. To parasti panāk, izmantojot asins analīzes, urīna analīzes vai acīmredzami inficētas vietas kultūru. Stafilokoki — vairāk pazīstami kā stafilokoku infekcija — parasti nonāk organismā caur griezumu. Staph infekcijas, kas nonāk asinsritē, var izraisīt elpošanas mazspēju un nāvi.
Streptokoku baktērijas ir dažu veidu pneimonijas, sinusīta, skarlatīna un STREP rīkles avots. Citi bīstamo baktēriju veidi ir e-coli un salmonella. Labā ziņa ir tā, ka gandrīz visas šīs baktēriju izraisītās slimības ir ārstējamas, ja tās tiek atklātas agri.
Baktēriju infekciju ārstēšana ir atkarīga no slimības smaguma pakāpes un no tā, cik tālu baktērijas ir izplatījušās. Plaša darbības spektra antibiotikas, piemēram, tetraciklīns, spēj uzbrukt un nogalināt dažādu veidu baktērijas. Baktēriju infekciju ārstēšanai specifiskākām slimībām var būt nepieciešama vidēja spektra antibiotika, piemēram, penicilīns. Šaura spektra antibiotikas ir paredzētas, lai uzbruktu vienai baktēriju formai.
Ārsti ir uzmanīgi, lai pārmērīgi neparakstītu antibiotikas iegūtās imunitātes problēmu dēļ. Baktērijas ātri pielāgojas, un zāles, kas iedarbojās vienas slimības lēkmes laikā, nākamajā reizē, kad tās būs vajadzīgas, var būt daudz mazāk efektīvas. Nelielu bakteriālu infekciju ārstēšanu dažkārt var ārstēt ar augiem vai piedevām.
Ķiploki, iespējams, ir vispazīstamākais augs, ko izmanto bakteriālu infekciju ārstēšanā; to var ēst neapstrādātu vai lietot uztura bagātinātāju veidā. Tiek uzskatīts, ka arī asie pipari, piemēram, kajēna, halapeno un habanero, palīdz cīnīties ar kaitīgo baktēriju ietekmi. Oregano eļļa ir izmantota austrumu valstīs gadsimtiem ilgi, parasti, lai ārstētu bakteriālas elpošanas sistēmas vai urīnceļu infekcijas.
Bakteriālas infekcijas var mazināt arī ar veselīgu uzturu un noteiktu vitamīnu un minerālvielu uzņemšanu. Bieži tiek ieteikti A, E un C vitamīni, kas lielā mērā palīdz stiprināt cilvēka imūnsistēmu. Jogurts un siers satur probiotikas, kas palīdz cīnīties ar infekciju. Labākais veids, kā ārstēt bakteriālas infekcijas, ir izvairīties no tām. Pareiza higiēna, īpaši bieža roku mazgāšana zem karsta, ziepjūdens, ir viens no efektīvākajiem pieejamajiem profilakses pasākumiem.