Ir tik daudz dažādu pārtikas saindēšanās iemeslu, ka medicīnas zinātne tos visus nav identificējusi. Tomēr lielāko daļu pārtikas izraisītu slimību izraisa baktērijas vai vīrusi. Baktērijas plaukst nedzīvās vielās, savukārt vīrusiem ir nepieciešams dzīvs saimnieks, lai tie pastāvētu. Vīrusu un baktēriju saindēšanās ar pārtiku cēloņiem ir daudz dažādu piesārņojuma metožu.
Baktērijas var palikt uz augļu un dārzeņu virsmas. Ja produkti netiek pareizi mazgāti vai apstrādāti, baktērijas var tikt norītas un izraisīt saindēšanos ar pārtiku. Konservēti augļi un dārzeņi var būt viens no nopietnākajiem pārtikas saindēšanās cēloņiem, ja produkti ir nepareizi apstrādāti. Clostridium botulinum ir baktērija, kas ražo toksīnu, kas var izraisīt smagas slimības un nāvi. Izspiedušās kannas vai vāki liecina, ka produkti ir nepareizi konservēti; ēdot šos pārtikas produktus, var izraisīt nāvi no saindēšanās ar botulismu.
Lielākā daļa saindēšanās ar pārtiku cēloņu nerada tik nopietnas sekas. Biežāk sastopami gripai līdzīgi simptomi un zarnu darbības traucējumi, kas izzūd vienas vai divu dienu laikā. Saindēšanās ar pārtiku simptomus dažkārt var sajaukt ar gripu. Kuņģa krampji, slikta dūša un vemšana ir bieži sastopamas pazīmes.
Vīrusu saindēšanās ar pārtiku gadījumus parasti izraisa fekāliju piesārņojums. Ja pavāri un tie, kas gatavo ēdienu, pēc vannas istabas izmantošanas pareizi nemazgā rokas, var rasties piesārņojums un saindēšanās ar pārtiku. Šāda veida saindēšanās ar pārtiku var skart visas iestādes, piemēram, bērnu dienas aprūpes iestādes un skolas. Fekālijas vēžveidīgajos ir vēl viens vīrusu saindēšanās ar pārtiku cēlonis.
Pārtika, kas nav pilnībā pagatavota, var izraisīt arī ar pārtiku saistītas slimības. Lai izvairītos no saindēšanās ar pārtiku, visi ēdieni ir jāsagatavo līdz atbilstošai temperatūrai. Gatavā ēdiena atstāšana bez ledusskapja ilgāk par divām stundām ir vēl viens saindēšanās ar pārtiku iemesls, no kura var viegli izvairīties. Pārtikas nekaitīguma pamatnoteikums ir tāds, ka karstiem ēdieniem ir jāpaliek karstiem, bet aukstiem – aukstiem.
Pareiza jēlas gaļas sagatavošana ēdiena gatavošanai ir īpaši svarīga, lai izvairītos no saindēšanās ar pārtiku. Jēlā gaļā var būt baktērijas, kas izraisa saindēšanos ar pārtiku. Ja neapstrādātu gaļu sagriež uz griešanas dēļa, pirms tur tiek gatavoti arī citi ēdieni, piemēram, dārzeņi, baktērijas var viegli piesārņot dārzeņus. Lai izvairītos no baktēriju piesārņojuma, dažādiem pārtikas produktiem ir jāizmanto atsevišķi griešanas dēļi un naži.
Pareiza gatavošanas temperatūra var iznīcināt baktērijas un vīrusus, kas citādi varētu izraisīt saindēšanos ar pārtiku. Piemēram, cūkgaļa var saturēt vīrusu apaļo tārpu Trichinella spiralis, kas izraisa pārtikas izraisītu slimību trihinelozi. Ja cūkgaļa ir pareizi pagatavota, iespēja saslimt ar trihinelozi ir ļoti reta.