Gatavojot mikroviļņu kūku, jāizmanto īpaši mikroviļņu krāsnim izveidoti cepeškrāsns trauki. Ļoti ieteicams izmantot mikroviļņu pagrieziena galdu, jo tas nodrošinās vienmērīgu gatavošanu. Ja brūnais cukurs ir viena no sastāvdaļām, ir lietderīgi to vispirms mīkstināt, ievietojot to mikroviļņu traukā ar nedaudz ūdens un karsējot augstā temperatūrā 60 sekundes. Pirms pievienošanas mikroviļņu kūkas receptei sviestam vai margarīnam arī jābūt mīkstam. To var izdarīt, karsējot augstā temperatūrā 15 sekundes. Izmantojot šokolādes kvadrātiņus kūkas receptei, arī vispirms būs nepieciešams mīkstināt, lai gan parasti tas aizņems vismaz 90 sekundes, un tas jādara ar vidēju jaudu.
Ja mikroviļņu krāsnī nav grozāmā galda, cepeštrauks būs jāpagriež ar roku. To var izdarīt, pagriežot bļodu gatavošanas laika pusē. To darot, izvairīsies no mitriem plankumiem vai nevienmērīgi izceptas kūkas.
Vēl viens ieteikums, cepot mikroviļņu kūku, ir izmantot kādu smērvielu vai gatavošanas aerosolu, lai kūkas maisījums neliptu pie bļodas. Ja izmanto saīsinājumu vai sviestu, to ļoti viegli un vienmērīgi uzklāj cepamtrauka apakšā, kā arī sānos. Tomēr vārīšanas aerosols darbojas labāk, jo ir mazāka iespēja, ka tas veidos kunkuļus.
Daudzi cilvēki izvēlas cept mikroviļņu kūku no nulles, jo tas viņiem ļauj kontrolēt izmantotās sastāvdaļas. Tomēr ir pilnīgi pieņemami izmantot sagatavotu kūkas maisījumu no kastes. Neatkarīgi no izmantotās metodes, iespējams, nav ieteicams mikroviļņu krāsnī cept mārciņu kūku vai jebkuru kūku ar ļoti biezu konsistenci. Vieglas tekstūras kūkai mīklu nevajadzētu pārpildīt ar daudzām sastāvdaļām.
Olu izmantošanai mikroviļņu kūkas pagatavošanā ir trūkums. Lai gan lielākajā daļā kūku recepšu var būt nepieciešama viena vai divas olas, olas, cepot mikroviļņu krāsnī, var radīt gumijas tekstūru. Šo problēmu var novērst, aizstājot olas ar citu sastāvdaļu. Kā alternatīvu var izmantot bezē pulveri vai ābolu mērci. Galvenais ir eksperimentēt, lai uzzinātu, kuras sastāvdaļas darbojas vislabāk.
Viens svarīgs noteikums, kas jāatceras, cepot mikroviļņu kūku, ir neļaut tai izžūt. Veids, kā to panākt, ir cepšanas laikā kūku pārklāt ar plastmasas apvalku. Arī pēc gatavās kūkas izņemšanas no mikroviļņu krāsns tā nekavējoties jāpārklāj.