Viens no labākajiem padomiem, kā pagatavot miso zupu, kas ir galvenais japāņu virtuves elements, ir pagatavot mājās gatavotu buljonu. Ja tas nav iespējams, var izmantot daši granulas, lai gan sāls līmeņa dēļ ir jāizvairās no ātri pagatavojamo daši pulvera vai konservētu buljonu lietošanas. Tāpat svarīgi zupai izvēlēties pareizo miso – raudzētu sojas produktu – veidu, jo garša var krasi mainīt ēdiena garšu. Neatkarīgi no tā, kādas sastāvdaļas tiek izmantotas zupā, ir svarīgi pievienot miso pastu tieši pirms pasniegšanas, neļaujot tai vārīties.
Dashi ir japāņu virtuves buljons, ko izmanto daudzos ēdienos. Tas ir miso zupas pamats, un tas var atšķirt lielisku, sildošu un komfortablu ēdienu un ēdienu, kas ir līdzīgs tam, ko pārdod veikalā. Lielākajā daļā japāņu mājsaimniecību dashi krājumi tiek ražoti lielās partijās un sasaldēti turpmākai lietošanai. Daši visvienkāršākā forma ir izgatavota no kombu, kas ir žāvētas jūraszāles, un kaltētas, kūpinātas bonito pārslām, kas ir tunzivju veids. Izmērcētu kombu uzvāra lielā ūdens katlā, un tad pievieno bonito pārslas.
Ja nav iespējams pagatavot mājās gatavotus daši, daši granulas pārdod pārtikas preču veikalos Āzijā un Āzijas tirgos visā pasaulē. Kvalitatīvas dashi granulas parasti labi der miso zupai, lai gan joprojām priekšroka tiek dota mājās gatavotam buljonam. Jāizvairās no pulveriem vai konservētiem buljoniem, jo tiem parasti trūkst garšas un var būt daudz sāls. Tā kā miso jau ir dabiski sāļš, sāļš daši buljons var padarīt zupu pārāk garšīgu.
Miso zupā var izmantot jebkura veida miso pastu, lai gan katra no tām sniegs atšķirīgus rezultātus. Sarkanā miso ir viena no visspēcīgāk aromatizētajām šķirnēm, un tā parasti neder zupām, kas paredzētas vieglām; tomēr, ja miso zupa tiks pasniegta kā pamatēdiens, sarkanā var labi noderēt. Baltais miso ir nedaudz saldāks un mazāk stiprs nekā sarkanais, un tas ir populārākais standarta miso zupas variants Japānā. Tiem, kam ir grūti izvēlēties starp diviem vai kuri vēlas izmantot miso pastu citiem ēdieniem, jauktais miso ir labs risinājums. Baltā un sarkanā miso maisījums nodrošina labu, spēcīgu garšu zupai, nepārspīlējot; Japānā šāda veida pasta tiek uzskatīta par universālu miso.
Miso zupai var pievienot gandrīz visus dārzeņus, garšvielas vai sastāvdaļas. Tas parasti tiek atstāts pavāra ieskatiem un vēlmēm. Neatkarīgi no tā, kādi papildinājumi tiek pievienoti daši buljonam, vissvarīgākais ieteikums miso zupas pagatavošanai ir pievienot pastu pašā vārīšanas beigās. Kad miso ir sajaukts, zupai nevajadzētu ļaut vārīties, jo tas var sabojāt miso pastas garšu, kas ir šīs japāņu zupas galvenā sastāvdaļa.