Baklažāni pieder vienai ģimenei — naktsvijolēm vai solanaceae — kā tomāti, paprika un kartupeļi, un tos ietekmē vairāki tie paši kaitēkļi. Visizplatītākie baklažānu kaitēkļi ir vaboļu, kukaiņu un ērču grupas. Šie kaitēkļi patērē lapas un izsūc dzīvību uzturošo sulu no augiem. Baklažāni ir uzņēmīgi arī pret dažādām baktēriju un sēnīšu slimībām, kas izraisa vīšanu un puvi. Dārzeņu audzēšana dārzā nodrošina svaigu, veselīgu produkciju, taču, lai iegūtu bagātīgu ražu, nepieciešama zinoša kaitēkļu un slimību pārvaldība.
Viens no acīmredzamākajiem baklažānu kaitēkļiem ir lapas ēdošā Kolorādo kartupeļu vabole. Šī svītrainā vabole un tās kāpurs patērē kartupeļu, paprikas un tomātu zaļumus. Sīkās zirnekļa ērces ir viena baklažānu kaitēkļu grupa, kas sūc baklažānu sulu, novājinot augus. Šie kaitēkļi atrodas lapu apakšpusē. Tie ir visaktīvākie sausā, karstā laikā vasaras beigās, un tos var atturēt, pienācīgi laistot baklažānus.
Blusu vaboles ir mazu kukaiņu grupa, kas ir izplatīti kaitēkļi visām Solanaceae kultūrām. Īpaši tie kaitē baklažāniem, kuriem tie dod priekšroku. Kāpuri barojas ar jaunattīstības saknēm, bet pieaugušie uzbrūk auga virszemes daļām. Baklažānu mežģīņu blaktis un sīkās laputis ir baklažānu kaitēkļi, kuriem ir specializētas mutes daļas, lai iekļūtu augos un izsūktu to sulu. Invāzija var novājināt augus, novēršot ziedēšanu vai augšanas kavēšanos.
Baklažāni ir arī uzņēmīgi pret baktēriju un sēnīšu slimībām. Verticillium vītumu izraisa augsnes sēne, un rezultātā veidojas mazi, savīti augi, kas galu galā iet bojā. Ziedu galu puve ir vēl viena sēnīšu slimība, kas izraisa nogatavojušos augļu nokrišanu. Baklažāni ir pakļauti arī baktēriju vītim, kas nogalina lielāko daļu inficēto augu. Vairāki puves veidi ietekmē augošos augļus vai visu augu, galu galā izraisot augļu zudumu vai visa auga iznīcināšanu.
Lai aizsargātu šo siltā laika kultūru, apkakles un rindu pārsegi var palīdzēt novērst agrīnas invāzijas. Biežas pārbaudes un insekticīdu ziepju lietošana var mazināt kaitēkļu ietekmi uz nobriedušiem augiem. Rotēšana, kur dārzā atrodas baklažāni, gadu no gada palīdz arī samazināt baklažānu kaitēkļus un slimības. Daudzi dārznieki izmanto plēsēju kukaiņu, piemēram, mārīšu, izmantošanu, lai kontrolētu ērces un dievlūdzējus pēc lielākiem kukaiņiem. Veiksmīga kaitēkļu apkarošana ir galvenais solis, lai nodrošinātu veselīgu baklažānu ražu.