Baktēriju klasifikācija ir baktēriju veidu atšķiršanas process un grupēšana pēc kopīgām īpašībām. Šāda klasifikācija tiek veikta starptautiski pieņemtās bioloģiskās taksonomijas sistēmas jeb organismu klasifikācijas zinātnes ietvaros. Baktēriju klasifikācijas laikā tiek ņemtas vērā vairākas lietas, īpaši RNS sekvences, bet cita starpā arī ārējās membrānas forma, bioķīmija un īpašības.
Lai gan pastāv dažādi viedokļi par to, kā organismi būtu jāklasificē, pašreizējā dominējošā sistēma visu dzīvi iedala trīs jomās. Baktērijas veido vienu no šiem domēniem. Tiem piemīt ārkārtēja daudzveidības pakāpe, un pēc skaita tie veido lielāko daļu zināmo sugu un pēc masas pārsniedz visus daudzšūnu organismus uz Zemes. Baktēriju klasifikācija var būt sarežģīta vairāku faktoru dēļ, jo īpaši sarežģītu struktūru neesamības dēļ, kas atrodamas progresīvākos organismos, kā arī baktēriju tendences pārnest DNS segmentus.
Bakteriologi baktēriju klasifikācijā izmanto vairākas metodes. Forma ir vienkāršākais veids, kā atšķirt baktērijas, un šiem organismiem var būt dažādas formas, tostarp stieņi, spirāles un sfēras. Tomēr forma ne vienmēr ir ekskluzīva īpašība, un baktērijām, kas ir sagrupētas ļoti atšķirīgās klasifikācijās, var būt līdzīgas formas.
Citas morfoloģiskās pazīmes, piemēram, lielums, var ievērojami atšķirties atkarībā no sugas, un tipiskas grupas var arī palīdzēt klasifikācijā. Daudzas sugas mēdz veidot atsevišķu šūnu grupas, kuru skaits var būt ļoti dažāds. Ārējo struktūru klātbūtne, piemēram, sīkas taustekļiem līdzīgas konstrukcijas, ko sauc par flagellas, var arī palīdzēt atšķirt baktēriju sugas.
Vēl viens galvenais baktēriju klasifikācijas instruments ir tests, kas pazīstams kā gramu traipu tests, kas nosaukts 19. gadsimta mikrobiologa vārdā. Šis tests nosaka baktēriju daudzumu atbilstoši to ārējās membrānas biezumam. Gramnegatīvajām baktērijām ir ļoti plāna membrāna, un grampozitīvām baktērijām ir biezāka membrāna.
Vēl viens baktēriju klasifikācijas instruments ir tādi faktori kā vielmaiņa un citas bioķīmiskās atšķirības. Baktērijas metabolizē ļoti dažādus savienojumus, un konkrētais savienojums vai savienojumi, ko izmanto vai pārveido konkrēta baktērija, var palīdzēt to identificēt un klasificēt. Šim procesam var palīdzēt arī citu bioķīmisko datu analīze.
Molekulārās analīzes metožu attīstība ir ļāvusi bakteriologiem diferencēt baktērijas atbilstoši RNS atšķirībām, kā arī specifiskām gēnu sekvencēm. Atsevišķu RNS un DNS proteīnu kopējā daudzuma un to klātbūtnes attiecību turpmāka analīze nodrošina vēl vienu klasifikācijas līdzekli. Izmantojot dažas vai visas no šīm metodēm un novērojamajām īpašībām, bakteriologi spēj klasificēt baktērijas pēc sugām un grupēt līdzīgas sugas.