Baktēriju proteīns ir proteīns, kas ir daļa no baktērijas struktūras vai ko baktērija ražo kā daļu no tās dzīves cikla. Olbaltumvielas ir svarīga visu dzīvo organismu sastāvdaļa, un baktērijas nav izņēmums. Pateicoties tam, ka daudzas baktērijas ir viegli kultivētas laboratorijā, ir veikti daudzi baktēriju proteīnu pētījumi ar mērķi uzzināt vairāk par specifiskiem proteīniem un to funkcijām. Izpratne par baktēriju proteīniem ir svarīga gan tāpēc, ka baktērijām ir ļoti aktīva loma cilvēku veselībā, gan tāpēc, ka informāciju var ekstrapolēt, lai iegūtu vairāk datu par proteīniem, kas saistīti ar lielākiem organismiem, tostarp cilvēkiem.
Olbaltumvielas ir garas aminoskābju ķēdes, kas ir salocītas atpakaļ uz sevi. Olbaltumvielu dabu nosaka gan aminoskābju ķēde, gan proteīna salocīšanas veids. Olbaltumvielas ir kodētas gēnos, dažas olbaltumvielas tiek ekspresētas, kamēr organisms attīstās, bet citas ražo organisms ar mērķi veikt konkrētus uzdevumus. Organisma ģenētiskais kods satur daudzu proteīnu projektus.
Papildus tam, ka baktēriju proteīns ir unikāla struktūra, tam ir arī spēja saistīties ar citiem proteīniem. Saistīšanās ar olbaltumvielām ietver ļoti spēcīgu saikņu veidošanos starp diviem dažādiem proteīniem. Kad olbaltumvielas saistās, tās var izraisīt reakciju, kas var atšķirties no imūnsistēmas reakcijas uz infekciju līdz slimības sākumam. Laika gaitā daudzas baktērijas ir attīstījušās, lai ražotu olbaltumvielas, kuru mērķis ir noteiktas cilvēku un dzīvnieku šūnu vietas.
Baktēriju proteīni cilvēkus interesē vairāku iemeslu dēļ. Izpratne par to, kuras olbaltumvielas ir iesaistītas konkrētu baktēriju struktūrā, var palīdzēt pētniekiem izstrādāt zāles, kas identificē un mērķē uz noteiktu baktēriju proteīnu, ļaujot pētniekiem izveidot antibakteriālas zāles, kuru mērķis ir konkrēti organismi. Atsevišķu proteīnu izpratne var arī ļaut pētniekiem uzraudzīt mutācijas un sekot līdzi veidiem, kādos šīs mutācijas notika, un to, kā tās var novērst.
Dažas baktērijas ražo olbaltumvielas, kurām ir kaitīga ietekme uz cilvēka ķermeni. Baktēriju proteīns var būt toksisks, izraisot slimības vai nāvi organismā, ko inficējušas baktērijas, un baktēriju proteīni var arī saistīties ar specifiskiem ķermeņa proteīniem, lai izraisītu dažādus simptomus. Pētnieki var pavadīt gadus, identificējot visus proteīnus, kas saistīti ar viena veida baktērijām, un šo procesu var sarežģīt straujas mutācijas, kā tas redzams viltīgās Staphylococcus baktērijas gadījumā.