Galvenais endokrīnais dziedzeris ir vēl viens veids, kā atsaukties uz mazo hipofīzi galvaskausa apakšdaļā, kur tas saskaras ar mugurkaulu. No astoņiem ķermeņa hormonus ražojošo dziedzeru veidiem šis endokrīnais dziedzeris saņem pasūtījumus tieši no smadzeņu centrālā hipotalāma. Kad hipofīze saņem šos hormonālos izdalījumus no hipotalāma, tā savukārt pati atbrīvo jebkādu skaitu hormonu, lai kontrolētu pārējos dziedzerus un to izkaisītos izdalījumus visā ķermenī.
Pirmais vārds galvenajā endokrīnā dziedzerī var būt liels maldinājums. Faktiski tas ir hipotalāms, kas ir galvenais endorfīna dziedzeris, jo tas arī izdala hormonālos signālus, kas caur tā saukto hipofīzes vārtu artēriju ved uz hipofīzi, kas ražo to, kas tam ķīmiski jāveido citiem dziedzeriem. Turklāt hipotalāms izdala citu hormonālo savienojumu – somatostatīnu, kas liek hipofīzei apturēt cilvēka augšanas hormona ražošanu.
Galvenais endokrīnais dziedzeris, kas ir tieši savienots ar hipotalāmu, ir veidots no trim dažādām rūpnīcām, ko sauc par daivām, kas ražo dažādus hormonus. Oksitocīnu dzemdību stimulēšanai un antidiurētisko hormonu, kas palielina ūdens daudzumu asinīs, ražo aizmugurējā daiva. Hormonu, kas regulē ādas toni un pigmentu, ražo starpposma hipofīzes daiva. Tomēr lielākā daļa darba attiecas uz priekšējo daivu: prolaktīns, lai sāktu laktāciju, augšanas hormons un citi savienojumi, kas stimulē epifīzes, andnieru, vairogdziedzera, epitēlijķermenīšu un reproduktīvo dziedzeru darbību.
Kopumā signālu hormoni tiek nosūtīti no galvenā endokrīno dziedzeru, lai izraisītu dažādas dzīvībai nepieciešamas aktivitātes. Piemēram, hormoni, kas tiek nosūtīti uz olnīcām vai sēkliniekiem, izraisa estrogēna, progesterona un citu sekrēciju veidošanos sieviešu attīstībai un reprodukcijai, kā arī testosteronu un citus androgēnus, kas ir atbildīgi par vīriešu reproduktīvo funkciju. Līdzīgā veidā, lai kontrolētu vairogdziedzeri kaklā, galvenais endokrīnais dziedzeris saņem tirotropīnu atbrīvojošo hormonu no hipotalāma, pēc tam ražo un nosūta hormonālo ziņojumu vairogdziedzerim. Pēc tam šis dziedzeris tiek iedarbināts, lai padarītu vairogdziedzera hormonus atbildīgus par vairākām būtiskām ķermeņa funkcijām, sākot no asins un sirds regulēšanas līdz muskuļu uzturēšanai un pārtikas sagremošanai.
Lai arī aizkuņģa dziedzeris aiz kuņģa tehniski nav dziedzeris, tam ir dažas svarīgas dziedzeru funkcijas. Viena no divām šī orgāna daļām ražo hormonus. Endokrīnā aizkuņģa dziedzeris ražo hormonus, piemēram, insulīnu, kas uztur pareizu ķermeņa cukura līmeni asinīs. Otra daļa, ko sauc par eksokrīno aizkuņģa dziedzeri, padara fermentus ļoti svarīgus veselīgai gremošanai.