Latenta infekcija ir situācija, kad vīruss atrodas organismā, bet tas paliek neaktīvas, neizraisot nekādus acīmredzamus simptomus. Pacients joprojām ir inficēts ar vīrusu, un viņš vai viņa var nodot vīrusu citiem, saskaroties ar neaktīvo vīrusu. Var tikt aktivizētas arī latentās infekcijas, izraisot simptomu un slimību atkārtošanos. Klasisks latentas infekcijas piemērs ir herpes simplex, kas periodiski uzliesmo, izraisot aukstumpumpas, pirms atkal kļūst miera stāvoklī.
Cilvēki dažkārt jauc latentās infekcijas ar latentumu. Latentums jeb klīniskais latentums ir viena no lietām, kas rodas infekcijas inkubācijas periodā, kad izraisītājs atrodas organismā un vairojas, bet neizraisa simptomus. Klīniskajā latentumā iesaistītais vīruss nav neaktīvā stāvoklī, kā tas ir šo infekciju gadījumā, bet gan pilnībā aktīvs un rada problēmas saimniekorganismam. Galu galā vīruss pāriet no latentuma un sāks izraisīt nosakāmus simptomus, brīdinot saimnieku par infekciju.
Dažas infekcijas nekad nevar pilnībā izvadīt no ķermeņa, kļūstot latentas, lietojot medikamentus un citus pasākumus, lai kontrolētu vīrusu un kavētu replikāciju. Šādos gadījumos infekcija var periodiski uzliesmot, reaģējot uz vides norādēm. Slēptas infekcijas var izraisīt arī tad, kad vīruss mutē, kļūstot neiespējami izskaust, vai ja ārstēšanas kurss nav pabeigts, ļaujot vīrusam palikt neaktīvā stāvoklī organismā.
Vairākiem vīrusiem ir raksturīga latentas infekcijas izraisīšana, ļaujot vīrusam cikliski plūst organismā, mainoties videi. No vīrusa viedokļa spēja palikt miera stāvoklī ir kritiska, jo tā ļauj vīrusam saglabāt saimniekorganismu, vienlaikus kļūstot neaktivizētam, ja apstākļi ir vīrusam naidīgi vai nepatīkami. Šīs infekcijas var būt arī ļoti grūti atklāt vai pārvaldīt.
Šīs infekcijas var ne tikai radīt problēmas saimniekam, periodiski uzliesmojot un izraisot virkni simptomu, bet arī kļūt draudīgākas. Vairāki vīrusi ir saistīti ar nekontrolējamu šūnu dalīšanos, ko, iespējams, izraisa vīrusa un šūnu DNS sajaukšanās, kas noved pie vadu krustošanās un nikniskas šūnas dalīšanās. Slēptas infekcijas var kļūt arī par nopietnu problēmu, ja pacientam ir novājināta imūnsistēma, jo infekcija var izpausties, kad pacienta imūnsistēma šķērso kritisko punktu.