Mikrofauna ir mazi dzīvnieki un vienšūnu organismi, kas redzami tikai mikroskopā. Parasti tos definē kā radījumus, kuru izmērs ir mazāks par 0.1 mm (100 mikroniem), bet mezofauna ir organismi, kuru izmērs ir no 0.1 mm līdz 2 mm, lai gan definīcijas var atšķirties.
Augsnē mikrofauna ir sastopama lielā skaitā — parasti vairāki tūkstoši uz gramu. Ikviens var paņemt nedaudz mitras augsnes, ievietot to mikroskopā un atrast šos organismus. Daži no visizplatītākajiem un nozīmīgākajiem piemēriem ir vienšūņi (vienšūnu eikarioti), ērces (vienas no visdažādākajiem un veiksmīgākajiem dzīvniekiem), atsperes (kas saistītas ar kukaiņiem), nematodes (caurspīdīgi tārpveida radījumi), rotiferi (nosaukti to riteņveida dēļ). skropstainas mutes daļas) un tardigrades, kas pazīstamas arī kā “ūdenslāči”, kas ir viens no izturīgākajiem organismiem dabā. Mikrofauna ir sastopama visā pasaulē, visur, kur ir mitra augsne, kā arī dažās citās vietās. Pavasara astes ir atrastas Antarktīdas McMurdo Dry ielejās, kas ir viena no aukstākajām un sausākajām vietām uz Zemes.
Mikrofaunu pavada mikroflora, kurā ietilpst aļģes, baktērijas, sēnītes un raugi, kas spēj sagremot gandrīz jebkuru organisko vielu, kā arī dažas neorganiskas vielas, piemēram, trotila un sintētisko kaučuku.
Lielākus dzīvniekus, kas atrodami arī augsnē, sauc par mezofaunu, piemēram, sliekām, posmkājiem un lielām nematodēm, un makrofaunu, kurā ietilpst zīdītāji, piemēram, kurmji un truši. Mikrofauna ir vismazāk izprasta no augsnes dzīvības to mazā izmēra un lielās daudzveidības dēļ. Daudzi ir tā saukto “kriptozoju” pārstāvji, kas joprojām nav zinātnē aprakstīti. No aptuveni 10–20 miljoniem dzīvnieku sugu pasaulē tikai 1.8 miljoniem ir doti zinātniski nosaukumi, un daudzi no atlikušajiem miljoniem, iespējams, pieder šai grupai, daudzi no tiem atrodas tropos.
Mikrofauna dzīvo sīkās porās starp augsnes graudiem, un daudzas no tām ir ūdens. Daži ir sēdoši, tas nozīmē, ka viņi visu mūžu pieķeras pie substrāta un nekad nepārvietojas. Šie dzīvnieki apaugļo savus partnerus, izlaižot ciliētu spermu, kamēr viņi paši paliek nekustīgi. Tās var atrast arī uz cilvēka ķermeņa, un vidusmēra cilvēka mājās ir tūkstošiem ērču, kas pelna iztiku, sagremojot atmirušās ādas šūnas.