Fizioloģijas zinātne bieži pēta dažādu dzīvas radības ķermeņa daļu vai orgānu sistēmu funkcijas. Šajā gaismā skeleta sistēmas fizioloģiju var uzskaitīt piecos vārdos: forma, atbalsts, aizsardzība, uzglabāšana un kustība. Šīs funkcijas attiecas gan uz cilvēka ķermeni, gan uz gandrīz visiem dzīvniekiem, kas klasificēti kā mugurkaulnieki. Bieži vien cilvēka ķermeņa skeleta sistēmas fizioloģija tiek pētīta, analizējot dažādu dzīvnieku skeleta sistēmas un otrādi, jo abas skeleta struktūras parasti ir homologas vai tām ir vienāda struktūra.
Viena svarīga skeleta sistēmas funkcija ir tā, ka tā uztur un piešķir ķermenim formu, tāpat kā ēkas un mājas sākotnēji tiek būvētas ar metāla vai koka karkasiem, lai izveidotu galīgo konstrukciju formu. Piemēram, galvaskauss, kas sastāv no vairāk nekā 20 kauliem, ir ļoti svarīgs, jo tas veido acu, deguna un visas galvas formu. Bez tā cilvēku un dzīvnieku galvas izskatītos ļoti neregulāras un izkropļotas. Tā tas ir ar pārējo ķermeni; bez cietā un stingrā skeleta sistēmas sastāva cilvēku un dzīvnieku ķermeņiem nebūs noteiktas formas, kas rada atšķirību no katras sugas.
Skeleta sistēmas veidošanās fizioloģija iet roku rokā ar atbalsta sniegšanu, palīdzot ķermenim izturēt savu svaru. Cilvēka ķermenī mugurkauls vai mugurkauls, kas iet pa muguras zonu, ir kauls, kas nes lielāko daļu ķermeņa svara un notur ķermeni vertikālā stāvoklī. Iespējams, nav arī nejaušība, ka augšstilba kauls vai augšstilba kauls ir lielākais kauls lielākajai daļai dzīvnieku, tostarp cilvēku, jo tā lielākais svars un izmērs palīdz nest ķermeņa augšdaļu, īpaši, ja ķermenis ir kustībā.
Svarīgo orgānu aizsardzība ir arī vēl viena svarīga skeleta funkcija. To var redzēt galvaskausā, kas aptver acis, ausis un, pats galvenais, smadzenes. Savukārt ribu būris darbojas kā vairogs plaušām, sirdij un ar tām saistītajiem lielajiem asinsvadiem. Pat mugurkauls ir skeleta sistēmas aizsargājošās fizioloģijas piemērs, jo tajā atrodas muguras smadzenes, kas ir ļoti svarīga nervu sistēmas daļa. Kauli darbojas arī kā daudzu būtisku minerālvielu, piemēram, kalcija un dzelzs, uzglabāšanas sistēmas, kā arī jaunas asins šūnas, kas katru dienu tiek radītas kaulu smadzenēs.
Skeleta sistēmas fizioloģija arī ļauj ķermenim pārvietoties ar dažādiem kustību diapazoniem. Tas ir tāpēc, ka kauliem abos galos ir savienojumi, kas savieno kaulus viens ar otru, bet tomēr ļauj tiem griezties un griezties dažādos virzienos. Skeleta sistēmai bieži palīdz muskuļu sistēma un to kontrolē nervu sistēma.