Trīs domēnu sistēma ir šūnu dzīvības klasifikācijas metode, ko sākotnēji ierosināja Karls Vūss 1990. gadā. Lai gan trīs domēnu sistēma sastapās ar zināmu iebildumu, kopš tā laika tā ir kļuvusi plaši pieņemta, pateicoties zinātniskiem atklājumiem, kas ir atbalstījuši Vūsa priekšlikumu. . Saskaņā ar trīs domēnu sistēmu visu šūnu dzīvību var iedalīt trīs domēnos: arhejā, baktērijās un eikariotās, un katru domēnu var iedalīt valstībās, filā, klasēs un tā tālāk.
Šī klasifikācijas sistēma izšķir eikariotu organismus, organismus, kuriem ir šūnas, kurās ir kodols, un divu veidu prokariotu organismus, organismus ar šūnām, kurām trūkst kodola. Sākotnēji arhejas un baktērijas tika apvienotas kā prokarioti, lai gan katrai grupai bija sava valstība. Woese apgalvoja, ka Arheja un baktērijas bija tik atšķirīgas, ka patiesībā piederēja atsevišķām jomām, nevis tikai atsevišķām karaļvalstīm.
Atšķirības starp arheju un baktērijām galvenokārt ir saistītas ar sarežģītu ģenētiku. Kad Vūzs pirmo reizi publicēja savu priekšlikumu, ģenētiskie pētījumi šķita, ka abas karaļvalstis ir cēlušās no kopīga senča un ka tās bija pietiekami līdzīgas, lai tām nebūtu nepieciešami atsevišķi domēni. Rezultātā trīs domēnu sistēma sākotnēji tika vērtēta skeptiski.
Tomēr turpmākie pētījumi liecināja, ka Vusam patiesībā bija taisnība un ka šie organismi bija tik ģenētiski atšķirīgi, ka tiem bija nepieciešami savi domēni. Gan arhejas, gan baktērijas ir prokariotiskas, taču to šūnu struktūras ir ievērojami atšķirīgas, un tām ir ļoti atšķirīga ribosomu RNS, kas norāda, ka šie domēni atšķīrās ļoti sen un lielā mērā nav saistīti. Šķiet, ka trīs domēnu sistēma organismu klasificēšanai ir precīzāka nekā iepriekšējās sistēmas tagad, kad ir atklāti pierādījumi, kas to apstiprina.
Arhejā ir tikai viena valstība, ko sauc arī par Arheju. Baktēriju domēnā ir arī tikai viena valstība, kas pazīstama kā baktērijas. Eikariotas var iedalīt četrās valstībās: dzīvnieki, augi, sēnes un protisti. Katrā jomā pastāv milzīga dzīvības daudzveidība, sākot no ekstrēmofilām arhejām, kas plaukst vidēs, kas varētu nogalināt lielāko daļu citu dzīvību uz Zemes, līdz trauslām tropiskām orhidejām augu valstībā.
Šī sistēma ir īpaši svarīga cilvēkiem, kuri pēta prokariotu organismus, jo trīs domēnu sistēma uzsver atšķirību starp baktērijām un arheju. Pētnieki parasti specializējas vienā vai otrā, izmantojot ģenētiskos pētījumus, lai uzzinātu vairāk par pētāmajiem organismiem. Daži cilvēki joprojām izmanto divu impēriju sistēmu, kas sadala šūnu dzīvību Prokariotā un Eikariotā un pēc tam attiecīgajās valstībās, taču tas kļūst arvien retāk.