Zinātniskā medicīna attiecas uz medicīnas veidu, kas attīstījās dažu pēdējo gadsimtu laikā un kopš 19. gadsimta kļuva par to, ko mēs tagad zinām kā tradicionālo medicīnu. Mūsdienu medicīna, kā to sauc arī, ir atkarīga no zinātniskiem novērojumiem cilvēka ķermeņa ārstēšanai un izpratnei. Dīgļu teorijas un slimību infekciozo cēloņu atklāšana bija nozīmīgs sasniegums zinātniskajā medicīnā. Pirms zinātniskās medicīnas izveides modē bija dažādas pieejas medicīnai, piemēram, asiņošana un attīrīšana, taču līdz ar uz pierādījumiem balstītu ārstēšanas metožu parādīšanos tās zaudēja labvēlību. Zinātniskajā medicīnā galvenā bija izglītība un ārstu kvalifikācija atbilstoši zinātniskajam standartam.
Tehnoloģiskie sasniegumi medicīnas jomā 19. gadsimtā lielā mērā veicināja izpratni par slimībām cilvēka organismā. Mikroskopi ļāva zinātniekiem identificēt un aprakstīt šūnas un noskaidrot, kuras šūnas bija patoloģiskas slimības gadījumā. Tika izgudrotas iekārtas, kuras kaut kādā veidā joprojām tiek izmantotas, piemēram, stetoskopi un rentgena iekārtas. Farmakoloģija, zāļu izpēte un ražošana, kļuva komerciāli dzīvotspējīgāka nekā iepriekš, pateicoties jauniem ķīmiskās sintēzes un pilnveidošanas procesiem rūpnieciskās revolūcijas laikā.
Šajā laikā ārstiem noderēja arī tādas laboratorijas metodes kā mikroskopiskā analīze un ķīmiskie testi tādām vielām kā urīns. Fizioloģija, kas ir ķermeņa darbības izpēte, arī palīdzēja šim procesam. Dīgļu teorija, kas atzina mikroskopiskos organismus, kas izraisīja infekcijas slimības, ir vēl viena svarīga zinātniskās medicīnas pieejas daļa. Ārsti arī sāka interesēties par eksperimentālo medicīnu un dokumentēja savus mēģinājumus un rezultātus citiem medicīnas speciālistiem.
19. gadsimtā tika izstrādāta arī noteiktas ārstēšanas efektivitātes pārbaudes sistēma, ko sauc par skaitlisko metodi. Konkrētu ārstēšanas rezultātus varēja analizēt, izmantojot statistiku, un pēc tam ārsts varēja redzēt, vai ārstēšana ir noderīga, bezjēdzīga vai bīstama. Šī pierādījumu pārbaudes metode, kas ir būtiska mūsdienu klīniskajos pētījumos, nozīmēja, ka iepriekš izplatītās ārstēšanas iespējas, piemēram, asins nolaišana, tika izmestas un aizstātas ar ārstēšanu, kuras efektivitāti ārsts varēja pierādīt.
Lai gan 19. gadsimtā virzība uz zinātnisko medicīnu turpinājās, atsevišķās valstīs nebija vienotas izglītības kvalifikācijas, kas varētu radīt ārstus, kuri strādātu saskaņā ar uz pierādījumiem balstītu medicīnu. Profesionālās ārstu organizācijas, kas ticēja zinātniskajai medicīnai, nevis cita veida medicīnai, lobēja, lai cilvēki, kas praktizējās kā ārsti, iegūtu kvalifikāciju. Valsts iestādes valstīs, kuras izmantoja zinātnisko metodi, izveidoja medicīnas licencēšanas padomes un apstiprināja tikai tās izglītības iestādes, kuras varēja nodrošināt studentiem nepieciešamo izglītības un eksāmenu standartu.
Standartizācija nozīmēja, ka cilvēki, kuri praktizēja mazāk stingri uz pierādījumiem balstītas zāles, nevarēja saukt sevi par ārstiem vai praktizēt kā ārsti. Mūsdienās zinātnisko medicīnu sauc arī par konvencionālo medicīnu. Papildu un alternatīvās medicīnas (CAM) veselības aprūpes nozarēs ne vienmēr tiek izmantoti tie paši noteikumi kā zinātniskajai metodei, un tām var nebūt tādas pašas uz pierādījumiem balstītas pieejas medicīnai.