Resnās zarnas hidroterapijas klīnikā apmācīti speciālisti, piemēram, naturopāti, veic procedūras, kuru laikā resnā zarna tiek piepildīta ar šķidrumu un atkārtoti iztukšota, lai izskalotu resnajā zarnā uzkrājušos materiālu. Lai to izdarītu, taisnajā zarnā tiek ievietota caurule. Caurule piegādā šķidrumu resnajā zarnā. Kad resnā zarna ir piepildīta vai pilna ar šķidrumu, terapeits, kas veic ārstēšanu, var masēt klienta vēderu, lai palīdzētu attīrīšanās procesā. Šķidrumam, ko izmanto resnās zarnas attīrīšanai, temperatūru un spiedienu parasti regulē iekārta, kas arī ļauj klientam redzēt materiālu, kas iziet no viņa resnās zarnas.
Lai process būtu pēc iespējas ērtāks, resnās zarnas hidroterapijas klīnikā parasti tiek nodrošināts ērts polsterēts galds, uz kura klientam var apgulties. Galds parasti atgādina masāžas galdu. Tāpat, lai tūbiņas ievadīšanas process taisnajā zarnā būtu pēc iespējas ērtāks, klīnikā pa rokai parasti ir dabīgie vai sintētiskie lubrikanti, ar kuriem pārklāj tūbiņas galu. Šādas smērvielas var ietvert neapstrādātu kokosriekstu eļļu vai smērvielas, kuras citādi izmanto seksuālās baudas uzlabošanai.
Resnās zarnas hidroterapijas klīnika parasti piedāvā dažu veidu šķidrumus, ko var izmantot resnās zarnas tīrīšanai. Visvienkāršākais šķidrums, ko var izmantot, ir attīrīts ūdens. Daži cilvēki izvēlas izmantot ūdeni, kas ir piesūcināts ar augiem, savukārt citi izvēlas izmantot kafiju, lai attīrītu resnās zarnas. Resnās zarnas hidroterapijas klīnika var piedāvāt arī resnās zarnas, kas ietver ūdens, kas ir ievadīts ar ķiploku, izmantošanu. Klienti sesijas laikā var arī likt terapeitam pielāgot šķidruma temperatūru un spiedienu, lai padarītu pieredzi pēc iespējas ērtāku.
Lai gan klientiem ir jānovelk apģērbs ķermeņa apakšējās daļās, lai veiktu resnās zarnas hidroterapijas sesijas, resnās zarnas hidroterapijas klīnika parasti strādā ļoti smagi, lai pacienti justos pēc iespējas atslābāki. Pirms hidroterapijas seansa klientam tiek dota terapijas telpa, kur nepieciešamības gadījumā izģērbties un apgulties zem segas, palaga vai dvieļa. Terapeits, kas vada sesiju, parasti var pabeigt lielāko daļu sesijas, klientam neatklājot sava ķermeņa apakšējās daļas privātās zonas.