Ļoti plašā nozīmē Malaizijas valsts atrodas Dienvidaustrumāzijā starp Indiju un Ķīnu. Lai precīzi noteiktu tās atrašanās vietu ģeogrāfiski, valsts atrodas 7 grādu leņķī uz ziemeļiem no ekvatora. Ekvators ir neredzama robežlīnija, kas atdala Zemi ziemeļu un dienvidu puslodē. Ekvatoriālajās valstīs parasti ir karsts, mitrs laiks, un Malaizijas tuvums ekvatoram nodrošina tai tropisku klimatu. Kaimiņos esošā Indonēzija gan dienvidos, gan austrumos atrodas tieši uz ekvatoriālās līnijas.
Abas galvenās Malaizijas daļas atdala Dienvidķīnas jūras un Sulu jūras ūdeņi. Valsts pussalas jeb rietumu daļa ir pievienota Taizemei, savukārt austrumu daļa atrodas Borneo salas ziemeļrietumu daļā. Austrummalaizija uz Borneo ir sadalīta divos štatos: Sabah un Sarawak. Bruneja ir kaimiņvalsts Borneo salā.
Kambodža un Vjetnama atrodas uz ziemeļiem no Malaizijas zemēm, savukārt Filipīnas atrodas ziemeļaustrumos. Singapūra dienvidos atrodas blakus pussalas zonai. Tiek uzskatīts, ka Malaizijas lielums ir salīdzināms ar Amerikas Ņūmeksikas štatu, kā arī ar Vjetnamu un Norvēģiju.
Malaizijas atrašanās vieta ir komerciāli nozīmīga, jo tā atrodas netālu no Malakas šauruma. Šis ir viens no pasaules galvenajiem kuģniecības šaurumiem. Malakas šaurums ir starptautisks tirdzniecības ceļš, kas pazīstams ar savu vieglo navigāciju lieliem komerciāliem kuģiem. Malaizijas eksports ietver palmu eļļu, gumiju, kakao un garšvielas, kā arī rūpnieciskos celtniecības produktus.
Andamanu jūra Rietummalaizijā ir populāra tūristu zona, jo tajā ir dzirkstoši zili ūdeņi un pulverveida baltas pludmales. Andamanu jūrai, nevis tuvējā Malakas šauruma komerciālajiem kuģiem, var piekļūt galvenokārt ar jahtām un buru laivām. Džohoras šaurums ir vēl viena Rietummalaizijas tūrisma zona. Lai gan Port Klang Johorā ir galvenā jūras osta, Lido pludmales daļa ir tūristu kūrorta vieta. Tieši aiz Džohoras šauruma atrodas Singapūras valsts.
Tilts ar nosaukumu The Second Link savieno Singapūru ar Malaizijas Džohoras štatu. Tilts tika uzbūvēts 1998. gada janvārī, lai samazinātu pierobežas satiksmes sastrēgumus. Lielākoties stratēģija bija veiksmīga. Galvenais intensīvo satiksmes sastrēgumu laiks uz Malaizijas un Singapūras robežas ir brīvdienās, piemēram, Mēness Jaunajā gadā.