Dažas sievietes grūtniecības laikā lieto ondansetronu, lai kontrolētu rīta slimības. ASV Pārtikas un zāļu pārvalde (FDA) ir klasificējusi kā B grūtniecības kategorijas zāles, un to parasti uzskata par drošu sliktas dūšas mazināšanai grūtniecības laikā. Tomēr to drīkst lietot tikai tad, kad tas ir nepieciešams, piemēram, ja sieviete nespēj savaldīt ēdienu stipras sliktas dūšas dēļ. Šādos gadījumos jebkura iespējamā ondansetrona negatīvā ietekme parasti tiek uzskatīta par labāku nekā kaitējums, kas var rasties auglim, ja tas nesaņem atbilstošās barības vielas no mātes. Šī iemesla dēļ grūtnieces tiek mudinātas pirms šo zāļu lietošanas pārrunāt ar savu ārstu plusus un mīnusus.
Ondansetrons ir klasificēts kā B grūtniecības kategorijas zāles, jo 2011. gadā nav pabeigti kontrolēti pētījumi ar grūtniecēm. Tomēr pētnieki ir veikuši pētījumus ar dzīvniekiem, lai noskaidrotu ondansetrona ietekmi grūtniecības laikā. Saskaņā ar rezultātiem šīs zāles nav radījušas kaitīgu ietekmi uz dzīvnieku augli. Tomēr dzīvnieki ne vienmēr reaģē uz zālēm tāpat kā cilvēki, tāpēc ir grūti droši apgalvot, ka ondansetrons grūtniecības laikā nekaitēs auglim. Paturot to prātā, ārsti nepiedāvās šīs zāles, ja vien viņi nebūs pārliecināti, ka grūtniecēm tās ir vajadzīgas veselības apsvērumu dēļ.
Galvenais iemesls, kāpēc daudzi ārsti joprojām izraksta ondansetronu, neskatoties uz to, ka trūkst pētījumu ar cilvēkiem, ir tas, ka neliela negatīvās ietekmes iespēja bieži ir labāka par alternatīvu. Piemēram, dažas sievietes grūtniecības laikā cieš no hyperemesis gravidarum, kas nozīmē, ka viņas var izmest gandrīz visu, ko ēd. Sievietes, kuras skārusi šis stāvoklis, arī parasti nevar samazināt šķidruma daudzumu, kas rada dehidratācijas risku. Tas kopā ar barības vielu trūkumu, ko izraisa lielākā daļa pārtikas produktu vemšanas, var nopietni kaitēt gan mātei, gan auglim. Ir zināms, ka dehidratācija un nepietiekams uzturs ir kaitīgi, savukārt ondansetronam grūtniecības laikā nav zināma kaitīga ietekme, tāpēc pēdējā lietošana parasti tiek uzskatīta par labāko risinājumu.
Lielākajai daļai sieviešu, kuras grūtniecības laikā lieto ondansetronu, tas ir nepieciešams tikai pirmajā trimestrī, kad viņas, visticamāk, cieš no rīta nelabuma. Tomēr dažām sievietēm tas ir nepieciešams visu grūtniecības laiku. Šādos gadījumos viņu ārsts, iespējams, atkārtoti izvērtēs situāciju katrā pirmsdzemdību tikšanās reizē, lai noteiktu, vai ondansetrona ieguvumi grūtniecības laikā joprojām atsver iespējamos riskus. Lielākajai daļai sieviešu šīs zāles vairs nav vajadzīgas pēc grūtniecības beigām, kas, iespējams, ir laba lieta mātēm, kas baro bērnu ar krūti, jo nav zināms, vai zāles izdalās mātes pienā.