Saikne starp omeprazolu un caureju ietver divas sastāvdaļas. Protonu sūkņa inhibitora galvenā sastāvdaļa ir magnijs, minerāls, ko izmanto kā caurejas līdzekli un zarnu attīrīšanai pirms noteiktiem diagnostikas testiem un operācijām. Omeprazols un caureja ir arī saistīti, jo zāles bloķē kuņģa skābes veidošanos un var arī kavēt aizsardzības mehānismus pret Clostridium difficile baktērijām, kas ir trešais galvenais caurejas cēlonis gados vecākiem cilvēkiem.
Paaugstināts infekciozās caurejas risks ir omeprazola blakusparādība, kas var būt akūta vai hroniska. Zināma saistība starp omeprazolu un caureju izrietēja no pētījumiem, kuros tika pētītas zāļu blakusparādības. Viens pētījums atklāja, ka kuņģa skābes samazināšanās gadījumā nodrošina bagātīgu vidi baktēriju augšanai gremošanas traktā. Pretrunīgs pētījums neatklāja saistību starp omeprazolu un caureju.
Zāles ir paredzētas gastroezofageālās refluksa slimības (GERD) un dažu veidu čūlu ārstēšanai. Tas palīdz izārstēt peptiskas un kuņģa čūlas, bloķējot kuņģa skābi, parasti nodrošinot atvieglojumu 12 nedēļu laikā. Daži pacienti lieto uzturošās zāļu devas, lai novērstu simptomu atkārtošanos.
GERD rodas, kad kuņģa skābe nonāk barības vadā, parasti pēc ēšanas. Tas parasti pasliktinās, kad pacienti guļ gultā. Dažas vielas, piemēram, šokolāde, kafija un alkohols, var saasināt GERD, kā arī cigarešu smēķēšanu. Daži pacienti atvieglo sāpes, paceļot gultas galvgali, lai novērstu kuņģa skābes regurgitāciju. Omeprazols tika apstiprināts lietošanai GERD ārstēšanā 1988. gadā.
Kuņģa čūlas var izraisīt sāpes pēc ēšanas. Sāpes var sākties kuņģī un izplatīties uz muguru vai krūtīm, atdarinot sirdslēkmes pazīmes. Un otrādi, divpadsmitpirkstu zarnas čūlas sāpes var mazināties, ēdot noteiktu pārtiku, bet reti rodas tukšā dūšā. Diskomforts parasti sākas divas līdz trīs stundas pēc ēšanas, bieži vien pasliktinās naktī.
Citas omeprazola blakusparādības ir B12 vitamīna un kalcija absorbcijas spējas samazināšanās. Tas var palielināt kaulu lūzumu risku sievietēm pēcmenopauzes periodā. Zāļu lietošanas laikā var kontrolēt vitamīnu un minerālvielu līmeni, pievienojot piedevas, lai novērstu trūkumus.
Viens pētījums parādīja paaugstinātu kuņģa vai barības vada vēža attīstības risku pacientiem, kuri cieš no hiatal trūces vai Bareta barības vada. Tomēr risks neattiecās uz pacientiem, kuri lietoja zāles gremošanas traucējumu, gastrīta vai peptisku čūlu ārstēšanai. Pētnieki atzīmēja, ka septiņu gadu pētījums, iespējams, bija pārāk īss, lai sniegtu ticamus rezultātus, jo vēža attīstībai bieži ir vajadzīgi gadi.