Olbaltumvielu antigēns ir proteīns, kas var stimulēt imūnsistēmas antivielu veidošanos un uz kuru imūnsistēma reaģēs, ja tā tiks identificēta organismā. Antigēnus var izgatavot no vairākiem savienojumiem, un olbaltumvielu antigēni ir vieni no visizplatītākajiem. Pētnieki, kurus interesē imūnsistēma un slimības process, ir identificējuši daudzus proteīnu antigēnus, un antigēnus plaši izmanto pētniecībā, diagnostikā un ārstēšanā.
Eksogēns proteīna antigēns ir proteīns, ko ārpus ķermeņa ražo cits organisms. Piemērs varētu būt olbaltumviela, ko ražo vīruss, ko kāds uzņem. Kad imūnsistēma redz šo proteīnu, tā atpazīst to kā svešu un stimulē antivielu veidošanos, kas var pieķerties antigēnam un uzbrukt tam. Šī ir viena no ķermeņa aizsardzības līnijām pret slimību izraisītājiem.
Endogēni proteīnu antigēni tiek ražoti ķermeņa iekšienē. Tos ļoti bieži novēro šūnu nāves gadījumā. Ķermeņa šūnas var ieprogrammēt sevi ražot šos antigēnus, lai imūnsistēma zinātu, kad ir laiks noārdīt šūnu un pārstrādāt tās sastāvdaļas. Šo olbaltumvielu antigēna veidu imūnsistēma var izmantot arī, lai marķētu inficētās šūnas iznīcināšanai.
Cits proteīna antigēna veids ir autoantigēns. Autoantigēni ir vielas, kas parasti atrodas organismā un parasti tiek uzskatītas par nekaitīgām, kuras organisms sāk identificēt kā antigēnu. Autoantigēni ir iesaistīti autoimūnās slimībās, kurās organisms sāk uzbrukt pats sev, jo imūnsistēmas programmēšana notiek nepareizi. Šajā gadījumā imūnsistēma uzskata, ka proteīns, kas faktiski ir ķermeņa daļa, ir kaitīgs, un imūnsistēma strādā, lai to izvadītu, lai gan tas var izraisīt ķermeņa bojājumus.
Vakcinācijas var ietvert kontrolētu antigēna, bieži vien proteīna antigēna, ievadīšanu organismā, lai tas varētu veidot antivielas, nepakļaujot to slimības riskam. Antigēnus var izmantot arī testos; ja ārstam ir aizdomas, ka pacientam ir kāds konkrēts vīruss, piemēram, asins paraugu var ievadīt antigēnu atlasei, lai noskaidrotu, ar kādiem antigēniem tas saistās. Antigēnu identificēšana var būt svarīga arī asins analīzēs, ko veic, lai noteiktu, vai daži ir vai nav rezistenti pret slimību, vai kāds ir bijis pakļauts slimībai.