Epitops ir proteīna daļa, ko atpazīst imūnsistēma. Tos atpazīst specifiskas T šūnas, B šūnas un B šūnu ražotās antivielas. Kad šīs šūnas atpazīst un aktivizē specifiski epitopi, tās sāk veidot imūnreakciju. Lielākā daļa epitopu ir iegūti no olbaltumvielām, kuras imūnsistēma klasificē kā ne-pašu, kas nozīmē, ka olbaltumvielas ir daļa no sveša organisma, piemēram, vīrusa vai baktērijas.
T šūnas un B šūnas reaģē uz dažāda veida epitopiem. Abi šūnu tipi var reaģēt uz viena un tā paša organisma epitopiem, bet nereaģē uz tieši to pašu epitopu. Tas ir tāpēc, ka katrs šūnu tips reaģē uz dažāda izmēra un formas epitopiem. Kopumā T šūnas reaģē uz epitopiem, kas ir daudz mazāki par tiem, ko atpazīst B šūnas un antivielas.
T šūnām aktivizējošais epitops ir proteīna fragments. T šūnu aktivējošie epitopi ir tie, kurus apstrādā imūnās šūnas, ko sauc par antigēnu prezentējošām šūnām jeb APC. Kad APC apstrādā epitopus, tas notiek, uzņemot baktērijas vai vīrusus un sadalot šos organismus to sastāvā esošajos proteīnos un citās makromolekulās. Pēc tam APC uz to virsmām parāda olbaltumvielu fragmentus, kuru izmērs var būt tikai astoņas aminoskābes. Kad T šūna atpazīst epitopu un saņem citus nepieciešamos stimulējošus signālus, T šūna kļūst par aktīvu imūnās atbildes daļu.
Turpretim B šūnas un to ražotās antivielas aktivizē daudz lielāki epitopi. B šūnu un antivielu epitopi joprojām ir savā parastajā trīsdimensiju konformācijā. Šī T šūnu un B šūnu atpazīto epitopu veidu atšķirība ļauj katram šūnu tipam veikt dažādas imūnās funkcijas.
Antivielas atpazīst epitopus uz native proteīniem, kas bieži tiek parādīti uz konkrētā inficējošā organisma virsmas. Baktērija vai vīruss galu galā pārklājas ar antivielām, padarot to neaizsargātu pret fagocītu nogalināšanu. Turpretim T šūnas atpazīst īsākus epitopus un kļūst sagatavotas dažādām funkcijām, piemēram, citokīnu ražošanai. Tie arī efektīvi nogalina šūnas, kas ir inficētas ar vīrusiem vai intracelulārām baktērijām, un atpazīst inficētās šūnas, jo infekcija liek šūnām uz to virsmām parādīt svešus epitopus.
Epitopu lielā nozīme imūnsistēmā ir izraisījusi epitopu kartēšanas attīstību. Šī metode ir izstrādāta, lai mēģinātu identificēt cilvēka patogēnu elementus, kurus T šūnas un B šūnas varētu atpazīt kā epitopus. Epitopus, kas ir atzīti par tādiem, pēc tam var izmantot kā vakcīnu mērķus, un tie var kļūt arī par diagnostikas testu pamatu.