Inulīna blakusparādības parasti attiecas uz gremošanas sistēmu. Dažiem cilvēkiem var rasties sāpes vēderā un gāzes, ja viņi patērē pārāk daudz inulīna. Citas biežas blakusparādības ir slikta dūša un caureja. Parasti blakusparādības rodas, ja cilvēki neapzināti ēd pārtiku ar pievienotu inulīnu vai lieto inulīna piedevas. Dažiem cilvēkiem inulīns var izraisīt alerģisku reakciju.
Inulīns ir ogļhidrātu veids. Tas dabiski atrodams daudzos dārzeņos un augļos, piemēram, sīpolos un banānos. Ogļhidrāti tiek uzskatīti par šķīstošo šķiedrvielu veidu, jo tos neuzsūc gremošanas sistēma. Tā vietā tas veicina veselīgu baktēriju augšanu zarnās. Tā kā tā nav pati baktērija, bet gan ietekmē baktēriju skaitu organismā, to uzskata par prebiotiku.
Inulīna blakusparādības parasti rodas tikai tad, ja cilvēks dienas laikā patērē pārāk daudz šķiedrvielu. Pārbaudes un pētījumi ir parādījuši, ka cilvēkiem, kas patērēja vairāk nekā 10 gramus inulīna dienā, parādījās kuņģa-zarnu trakta blakusparādības. Tipiskas blakusparādības, par kurām ziņots, lietojot inulīnu, bija krampji kuņģī, kuņģa rīboņa un caureja. Daži cilvēki ziņoja par vēdera uzpūšanos, kā arī gāzēm un vēdera uzpūšanos.
Daudzi pārtikas ražotāji pievieno inulīnu tādiem pārtikas produktiem kā graudaugi vai jogurts, lai palielinātu šķiedrvielu saturu, nepadarot ēdienam rūgtu garšu. Inulīnam parasti ir salda garša, tāpēc, pievienojot to pārtikai, tas ne tikai palielina šķiedrvielu daudzumu, bet arī var uzlabot ēdiena garšu. Arvien vairāk ražotāju pievienojot šķiedrvielu pārtikai, pieaug inulīna blakusparādību risks, jo cilvēki, pat nemanot, var patērēt vairāk, nekā paredzēts.
Inulīns ir pieejams arī kā papildinājums vai injekcija, un tas ir paredzēts, lai palīdzētu atvieglot aizcietējumus vai samazinātu triglicerīdu līmeni, jo tas neļauj organismam absorbēt triglicerīdus. Daži cilvēki uzskata, ka tas var palīdzēt samazināt holesterīna līmeni vai palīdzēt pacientiem zaudēt svaru. Lietojot saskaņā ar norādījumiem kā papildinājumu, inulīna blakusparādības parasti ir zemas vai vispār nav.
Dažiem cilvēkiem var būt alerģija pret inulīnu. Alerģiskas reakcijas pazīmes atšķiras atkarībā no alerģijas smaguma pakāpes. Biežas alerģiskas reakcijas ir klepus vai apgrūtināta elpošana pēc pārtikas, kas satur šķiedrvielas, pat dārzeņus, kas satur inulīnu dabiski. Tā kā šķiedras tiek pievienotas arvien lielākam skaitam pārtikas produktu, var pastiprināties alerģisku reakciju parādīšanās.