Pilngraudu bagete izmanto pilngraudu miltu, balto miltu un pilngraudu maisījumu, lai izveidotu garu, plānu maizes klaipu. Lai gan šī nav tradicionāla bagete, tā ir metode, kā bageti pārvērst par kaut ko veselīgāku. Tradicionālā bagete, kuras izcelsme ir Francijā, neietver pilngraudu miltus vai jebkāda veida veselus graudus. Bagete var pievienot veselus graudus veselā veidā vai samalt, veidojot dažāda veida miltus.
Tradicionālo franču bageti gatavo no baltajiem miltiem, ūdens, sāls un rauga. Tā ir ļoti vienkārša maize, kas veidota garā un plānā kukulītī, kas atgādina zizli, no kurienes cēlies vārds bagete. Francijā cilvēki ļoti izturas pret savām bagetēm, lai gan gadu gaitā ir radušās dažādas formas. Tagad ir arī citas šķirnes, izņemot pilngraudu bageti, kas ietver rudzu miltus, aromatizētājus un garšaugus.
Pilngraudu miltus gatavo, samaļot visu kviešu ogu graudu. Tā kā visa kviešu oga tiek sasmalcināta, barības vielas netiek noņemtas, pirms no kviešiem tiek pagatavoti milti. Baltie milti tiek rafinēti tā, lai endosperma ir vienīgā vēl neskartā daļa, kas rada labus miltus mīklai, bet nesatur daudz barības vielu. Kviešu miltus parasti apvieno ar baltajiem miltiem, lai izveidotu mīklu, kas labi paceļas, bet joprojām ir veselīga.
Dažos gadījumos graudi tiek turēti veseli, pirms tos pievieno pilngraudu bagetei. Veseli graudi ietver tādas preces kā auzas, rīsi un mieži. Tos var pievienot mīklai, lai iegūtu pilngraudu bagetes tekstūru, vai uzkaisīt virsū pirms tās cepšanas, lai gan dažreiz ir grūti izveidot bagetēm zināmo garozo tekstūru, kad mīklai pirms cepšanas pievieno veselus graudus. Veselu graudus var arī samalt miltos un pievienot mīklai, lai nodrošinātu atšķirīgu garšu un konsistenci nekā bez tiem.
Preces var klasificēt kā pilngraudu, vienkārši ja tajās ir neliels daudzums pilngraudu, tāpēc indivīdam, pērkot pilngraudu bageti, ir nepieciešams izlasīt etiķetes un uzdot jautājumus. Lai maizi uzskatītu par veselīgu un barojošu, pirmajai sarakstā ir jābūt pilngraudu miltiem. Cepot maizi mājās, šī problēma tiek novērsta, jo pavārs precīzi zina, kas ir iekļauts receptē.